明廷接到镇江捷报，深为喜悦，命登莱、天津水师二万策应毛文龙，王化贞督广宁兵四万进据三岔河上，合蒙古军乘机进取，并安排登莱水师之王绍勋为镇江副总兵，升毛文龙为参将，作为王绍勋的副手，进驻镇江或朝鲜义州，作为收复辽东的根据地。然而，王化贞固然支持毛文龙，辽东经略熊廷弼却认为毛文龙在尚未联络朝鲜并准备好军马的情况下轻举妄动，打草惊蛇，导致后金屠杀南四卫军民，破坏了他的“三方布置”大计，不是“奇捷”，而是“奇祸”。兵科给事中李遇知及登莱巡抚陶朗先等附和此议。所以，毛文龙不但未获封赏，反而陷于被逮捕治罪的危险境地。内阁首辅叶向高上疏称毛文龙无罪，到十月十三日获得了熹宗认可的旨意。在此期间，毛文龙还向朝鲜提出进驻义州，接济兵马与粮草，以便进攻后金。朝鲜国王李珲深恐此举“启我国不测之祸”，婉拒其入驻义州，请其继续留在宣川、铁山一带，也未提供兵马与粮草。总之，由于条件不足以及内外掣肘，明军水陆并进、收复辽东的计划被一再拖延。

天启元年（1621年）十月，明熹宗已授毛文龙为平辽副总兵，王化贞亦派六艘船只运载粮草以接济毛文龙。十月下旬，毛文龙偷袭长奠、永奠、大奠、宽奠、叆阳、凤凰城等各堡，报称杀了四千余后金兵（一说两、三千人）。努尔哈赤为解决西征广宁的后顾之忧，于十一月十八日派阿敏率兵五千，攻打毛文龙。阿敏获得了朝鲜人的引导，渡过结冰的鸭绿江，于十二月十五日突袭林畔。毛文龙未获得王绍勋的策应，孤立无援，所幸林畔有大小二馆，相隔二十里，后金以为毛文龙住在大馆，遂以主力围攻，但实际上毛文龙住的是小馆，大馆住的是毛文龙的中军丁文礼，因此丁文礼及陈良策以下一千五百余人战死，毛文龙则乔装成士兵而得以脱逃，一路上七次与后金骑兵交战，和二十名残兵突围至定州（今朝鲜平安北道定州市），三日后又有一批残兵来投定州，定州守将不纳，毛文龙遂出城与之会合，返回弥串堡。一个月后，努尔哈赤攻入辽西广宁，毛文龙在广宁右屯卫避难的亲属及家丁三百余人被杀。

尽管毛文龙在林畔被袭败、其上司王化贞也因广宁陷落而下狱论死，但他依然受到重用。天启二年（1622年）夏，毛文龙“请兵五万，期捣奴巢”，又言“必得兵四万而后可以有为”，明廷认为办不到，只是陆续调集闽兵三千、淮兵八千与浙兵三千一百以补充其兵力（其中五千淮兵渡海时遇风漂至各岛，没有抵达）。熹宗于六月初四日擢毛文龙为平辽总兵官，署左军都督府都督佥事。御史崔呈秀奏请赐毛文龙尚方宝剑，熹宗有意应允，经叶向高劝止才作罢。朝鲜则一直受到后金要求其捉拿毛文龙的压力，一方面拒绝后金的要求，一方面不断劝毛文龙避入海岛。毛文龙亦欲择一海岛作为根据地，利用后金不习水战的特点以自保，同时作为后方游击的根据地。起初在毛文龙出兵镇江之际，曾有广鹿岛渔民李景先来投，他在天启二年（1622年）五月为毛文龙献计居于朝鲜铁山之皮岛（椵岛）。毛文龙遂决定在冬季转进海岛。十一月初，毛文龙正式入驻皮岛。由于皮岛等岛屿在鸭绿江口之东，故被泛称为东江，毛文龙所领军镇也就俗称“东江镇”。

就在迁入皮岛前后，毛文龙又开始向明廷报告其袭扰后金的行动。天启二年（1622年）八月，毛文龙遣其部将陈忠等袭击樱桃埚、汤站，有所斩获。入居皮岛不久后的十一月十九日，毛文龙亲自带兵到千家庄，报称遭遇后金兵三千余人，自己亲斩四级，部将斩八十七级。十二月，御史夏之令奏称“毛文龙孤军客寄海外，难于急济，议当撤回”。熹宗大怒，贬其为民，赖叶向高解救得免，仍不许传抄其奏本。天启三年（1623年）二月，在给事中郭巩的建议下，熹宗正式赐毛文龙尚方剑，以重事权。同年春夏之际，后金复州守将刘爱塔遣使向明投诚，登莱巡抚袁可立命总兵沈有容率舟师与毛文龙会合，伺机应援，事泄不果。后金屠戮并强制内迁居民，南四卫空虚。毛文龙部将金州麻洋岛守备张盘侦探到金州城内仅有后金军五六百人守城，因而于七月初二日率部下官兵及壮丁三十余队乘夜袭破金州城。同月，毛文龙听说努尔哈赤要进攻山海关的情报，派游击马应魁和参将易承恩分别领兵从朝鲜满浦和昌城渡鸭绿江、游击王辅等领兵从千家庄、游击王承鸾领兵从别东、都司杜贵等领兵从水口进攻后金。毛文龙自率马步兵丁六千余，至镇江、汤站等处，安营下寨，接应五路大军。按照毛文龙相关塘报的叙述，此役使努尔哈赤于辽阳、甜水站、满浦、昌城之间疲于奔命，东西救援，应接不暇。不过据朝鲜西路都元帅张晚所言，毛文龙的军队渡鸭绿江后只是“日日放炮，以为声势”，他还观察到“其军之单弱”。八月，毛文龙进军清河，袭扰后金军于凉马佃子，报称斩级二十一颗，夺马六十七匹。九月，毛文龙从昌城渡鸭绿江，在赫图阿拉附近的董骨寨、牛毛寨、阎王寨等地展开游击战，报称斩级二百零九颗，生擒四名，夺马二百八十三匹。闰十月，毛文龙报称在乌鸡关袭破后金，斩级二百二十五颗。同年十一、十二月又袭扰白羊口、会安堡等地。因上述各种战功，毛文龙的军衔升为都督同知。

天启三年（1623年）七月，有一个姓朱的淮安商人从朝鲜会宁辗转来到皮岛，此人之前在辽东做生意时被后金俘虏，后逃到朝鲜会宁居住了一段时间。他告诉毛文龙朝鲜咸镜道北面的女真部落中有辽民屯种，可以攻打。十月，毛文龙派守备王万才到朝鲜咸镜道一带侦察。天启四年（1624年）四月，派王辅、时可达等三名游击带兵五千人前往朝鲜咸镜道，随后越长白山，袭击后金辉发部，后金称这支明军被其守将苏尔东安击破，全军覆没。六月，王辅等撤回。八月，努尔哈赤听说毛文龙派兵在朝鲜义州城西的鸭绿江岛中屯田，派梅勒额真冷格里、武善率兵千袭击，斩五百余级，尽焚岛中粮草而还。同年，投降后金的明将李永芳写信招降毛文龙，并告知毛文龙的家属中还有幸存者，受到后金优待。七月初二日，使者到来，毛文龙将招降使者和信件送到北京，熹宗大喜。十一月，下旨晋升他为左都督。截止当年为止，毛文龙上报他前后大小三十余战，斩首共一千九十七级，上捷五次，总获器械、弓箭等件共五万。

天启五年（1625年）六月，毛文龙部下的鹿岛参将林茂春袭汤池、泥河寨子，石城岛游击袭盖州张老寨，都司李良梅从云头里、镇江渡鸭绿江，袭柳河子，都司李继成袭袁家寨、果子园，参将毛有禄从石城岛、小松岛登陆，袭击乔麦冲堡，明和后金均宣称自己获胜。八月，毛文龙在海州张屯寨民众的内应下派兵三百夜袭，被后金击退，被斩一百七十余人。九月初四日，毛文龙奏称数年来共计斩获首级千余颗，生擒后金人三百余名。十一月，毛文龙带兵在永宁堡遭遇后金军一千余人，报称亲斩一级，部将斩五十三级。同年，旅顺失守，张盘战死，围绕旅顺防守责任问题，毛文龙与登莱巡抚武之望反目，相互参劾，明廷于十一月将武之望调任南京。

天启六年（1626年）正月十四日，毛文龙得悉努尔哈赤出兵辽西，派鹿岛参将林茂春、宽奠参将王辅带兵夜袭海州，后营参将杜贵、清河营游击曲承惠带领官兵前往威宁营，伺机暗袭沈阳，招练营参将易承恩、都司毛有麟带领官兵前往宽奠、叆阳地方，远近接应。其中易承惠于正月二十一日在威宁营擒后金人六名、斩级六颗、获马九匹，林茂春、王辅于正月二十二日在海州擒后金人四名、斩级七颗、获马八匹。此时努尔哈赤亦败于宁远城下，有观点认为毛文龙组织的这次奇袭行动使努尔哈赤不敢继续西进，为明军在宁远之战中的胜利做出贡献。四月，毛文龙接到后金于四月初十日后将攻山海关的情报，遂亲督官兵直趋镇江，前至凤凰城、宽奠、叆阳，分头接应。旅顺参将李鑛攻破蛮子屯堡，海州参将林茂春等率兵五千进攻海州，因闻鞍山一路失利，收兵回师。都司高万重等率兵六千攻辽阳，因后金在辽阳防守严密，遂转攻头关站。清河营游击曲承惠等率兵四千直捣沈阳附近吃紧巢穴，攻克哩坞、黑奴寨，并烧毁后金战船五十二只。都司毛有荣等率船潜进三岔河，伺机夹攻，攻克马围子。参将王辅等率兵六千进攻鞍山驿，于四月二十二日遭到伏击，王辅以下二千四百余人阵亡。这是毛文龙在林畔之败后遭到的最惨重的失败，为之“容色惨淡”。不过，辽东巡抚袁崇焕肯定了毛文龙组织的这次军事行动对宁远安全的重要贡献，认为“毛帅虽破创兵折，然数年牵制之功，此为最烈”。五月十二日，毛文龙派兵袭击萨尔浒城，被守将巴笃理击退，据说被斩二百余级。

毛文龙自从开镇东江后，明廷内部一直存在争议，有人称赞他“干城足恃”，有人质疑他“赘疣无益”，前述的夏之令、武之望就是早期质疑者的代表，而明廷都采取袒护毛文龙的态度。天启三年（1623年）七月，南京光禄寺少卿岳元声上疏评论道：“镇江初捷之时则为幸得幸失之文龙，镇江既屠之后则为若存若亡之文龙；皮岛未营之先则为可留可去之文龙，皮岛既营之后则为千虑万虑之文龙。”并且“最可虑者，谓文龙性忠义其人耶？”时人认为此疏“至当”。往后几年，明廷内部对毛文龙的“千虑万虑”越来越多，到宁远之战时，毛文龙遭遇到他的第一次危机。在后金大举进攻宁远时，熹宗传旨毛文龙“袭后搗巢”“灭贼雪耻”，结果还没接到毛文龙出兵的塘报，努尔哈赤就从宁远城下撤军。二月初，毛文龙请以自己所立之功赎回王化贞的死刑的上疏被送到北京，也引起了明廷不满，熹宗下旨申斥：“毛文龙即使有功，岂得代人赎罪？况奴酋入犯，文龙全不知觉，牵制安在？辄敢言功，乃为失陷封疆之人求宥，藐视朝廷，是何法纪？”这道旨意颁布之后，包括袁崇焕及兵部尚书王永光等在内的诸臣纷纷上疏请将毛文龙移镇近处，具体有旅顺或盖州（盖套）等方案，不过亦有丰城侯李承祚反对移镇。毛文龙对于种种指控及移镇之请自然极其不满，接连上疏辩白，称自己早已预警努尔哈赤会入侵辽西，也有所行动，只不过因为“粮饱不足，器具不备”而收效有限，同时抓住兵科给事中薛国观所说的东江离沈阳二千余里的错误说法来大加驳斥，力陈东江地缘之优越。熹宗在八月二十五日下旨：“疏说地势人心极明，不必移驻。”使毛文龙渡过危机。在此期间，袁崇焕派去与毛文龙商议移镇的赵佑、徐敷奏二人中，前者被杀于石城岛，后者虽然逃回，但不断被毛文龙以招诱两万辽兵为由要求处死，这使袁、毛两人开始结下梁子。

就在毛文龙渡过第一次危机时，努尔哈赤病死，皇太极继承后金汗位。天启七年（1627年）正月，皇太极派二贝勒阿敏进攻朝鲜，同时攻毛文龙，是为丁卯之役。后金军在渡过鸭绿江、占领朝鲜义州的当夜，就马上分兵进攻毛文龙在陆上的驻地铁山，屠杀当地的汉人军民。之前大海冰封之际，毛文龙就移驻身弥岛（云从岛）。毛文龙称后金率兵进逼，自己派内丁都司毛有见、毛有德、尤景和等率兵救援皮岛，虽杀敌数百，但毛有见、毛有德也战死，损兵七百人。毛文龙又称自己主力过江牵制，只剩三百余兵，坚壁固守多日并杀尽在岛上充当后金内应的二千三百余名女真降人和俘虏，才没让后金将自己擒获。阿敏则称是已经知道毛文龙逃往海岛而无法擒获，未言及交战。后金军随即大举南下攻朝鲜，毛文龙暂未出动，称自己“探贼攻丽（朝鲜）胜负，相机以截其后”，并移咨朝鲜方面，要求其固守汉城，等待自己率兵截后。此时，朝鲜国王李倧已率百官逃至江华岛，既对毛文龙之咨票不以为然，又不听潜伏后金的明朝间谍刘爱塔（刘兴祚）提出的坚壁清野的忠告，在三月初同后金匆匆达成江都之盟，后金在平壤大掠三日并强迫朝鲜订立平壤之盟后才从容撤退，只留3000人驻扎义州，以防备毛文龙。在这段期间，毛文龙声称自己的部下从二月下旬到三月上旬在义州、定州、铁山一带到处伏击后金军，歼灭三千人以上。四月十三日，毛文龙亲自领兵在义州伏击后金军，声称后金军伤亡六七千人，而自己左臂中两箭、左足中一箭。此外，毛文龙还曾接济郑凤寿为首的朝鲜抗金义兵，郑凤寿也曾将自己斩获的一些首级献给毛文龙。五月，明廷得知后金撤离朝鲜，毛文龙又献首级四百七十七颗、鞑帽二百九十顶及三名后金俘虏，因此明廷归功于毛文龙对后金的打击才保全了属国朝鲜。六月，郑凤寿撤离龙骨山城，接管龙骨山城的毛文龙部下都司李马骨被后金袭击歼灭。同月，毛文龙和统率登莱援兵八千的太监胡良辅在义州伺机攻金，据朝鲜所称被后金击败。而胡良辅则上报毛文龙斩获之功，获得熹宗嘉奖。九月初六日，毛文龙与袁崇焕部下周文郁定计驱逐在义州的后金军，收复义州。不过后金和朝鲜方面则记载是后金主动撤退、朝鲜紧随接收，未见毛文龙有针对义州的军事行动。丁卯之役期间，毛文龙和袁崇焕的关系进一步恶化，他将丁卯之役归咎于袁崇焕与后金讲和，因此坚决反对同后金“议款”。袁崇焕则指责毛文龙“误天下而苦边”，并虚报铁山战功，“不能以一矢加遗”。毛文龙对此极为不满，上疏辩解，并吐露自己的“五不平”，前三项都在抱怨关宁军比东江军拿到更多军饷，甚至以丰厚军饷招诱东江军，后两项则是陈诉自己被诬陷的委屈，尤其是说他在丁卯之役中的“冒功”。他还对朝鲜译官不点名批评袁崇焕“不忠不义”。

此时，熹宗已经驾崩，崇祯帝登基，随着崇祯帝清除魏忠贤、重新更换一套班子，毛文龙遂陷入第二次危机。崇祯帝新任用的兵部尚书阎鸣泰就是先前主张毛文龙移镇的人，此时再次提出移毛文龙于盖州（盖套）。崇祯元年（1628年）正月到二月，原登莱巡抚武之望、工科右给事中潘士闻、御史范汝梓等纷纷弹劾毛文龙，崇祯帝同意查核东江兵额，并下令讨论毛文龙移镇之事。与之相对，丰城侯李承祚又一次上疏为毛文龙表功，被崇祯帝斥为“浮谈市德”。面对新皇帝对他的怀疑以及移镇之议的再起，毛文龙不得不上疏为自己辩解，并强调盖州一带“四围沙漠，无地樵苏，且隔海百里，粮草难继，此兵志所忌之地也”。移镇之议因崇祯帝以王在晋替代阎鸣泰为兵部尚书而被搁置，但明廷明确规定毛文龙应受登莱巡抚节制，并着手核实调查东江兵马数额。崇祯帝委任户部员外郎黄中色负责此事，四月初抵皮岛，毛文龙拿出一本记载62000人的花名册，黄中色清点之后发现只有30000余，并于六月奏称东江有兵36000余人。毛文龙对此上疏称黄中色只点了皮岛的兵，还有其他岛屿以及出哨屯种的官兵没有调查，并宣称“各岛兵丁精壮者合计实有十五万”。在此期间还有很多为自己辩解的上疏，“语多桀骜”。崇祯帝继续派登州海防道王廷试去核查东江兵额，点兵42000人，裁为28000人，七月底由登莱巡抚孙国桢上报。十一月，崇祯帝同意按此数额发饷。在此期间，毛文龙声称自己在镇江与后金对峙，屡有斩获，又攻复州、海州、金州。十月，他声称于阵中招降刘爱塔，并以刘爱塔还在后金的兄弟为内应，奇袭萨尔浒城，斩三千余级，俘虏六十九人。不过，崇祯帝在七月曾言“文龙献俘，似多非实”，又在十一月对毛文龙有“宜从新策励，实图报效，不得但以牵制虚声藉口塞责”的警告，说明他对这些战绩已不太相信。此时的毛文龙亦清楚自己的不妙处境，“常常抚膺大恸”。他在上疏抗议朝廷发饷不公时斥责“诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室”。据说他在给杭州的妻子写的信中也有“外有强敌而内有公卿，必死不久”，预感了自己即将到来的灭顶之灾。

毛文龙身处争议漩涡的风口浪尖期间，本来就与他有隙的袁崇焕出任蓟辽督师，崇祯元年（1628年）七月来京陛见，八月出关赴任。袁崇焕尚未出关时，就与阁臣钱龙锡密谈毛文龙问题，据说那时他就主张采取“入其军，斩其帅，如古人作手”的方式来除掉毛文龙。赴任之初，他忙于整顿关宁兵马，暂时无暇顾及处置毛文龙，到十二月才确定“斩帅”之计。此后，他在与钱龙锡和兵部尚书王洽的通信频繁议及此事。在此前后，崇祯帝也屡与辅臣及兵部尚书密议东江之事，虽然讨论内容不得而知，但肯定不是对毛文龙的利好。

就在崇祯帝怀疑毛文龙、袁崇焕也欲对毛文龙下手之际，发生了毛文龙两入登州（今山东蓬莱）的风波，使他的处境更加危险。崇祯元年（1628年）八月，毛文龙突然率兵至登州夏家瞳上岸，后到诸船则游弋于登莱沿海，引发当地军民不安。山东总兵杨国栋上章弹劾毛文龙十大罪，崇祯帝未答复，而毛文龙的军队则砸毁杨国栋功德碑以泄愤。八月二十四日，兵科给事中许誉卿弹劾毛文龙擅离信地，应责令毛文龙据实回奏，崇祯帝批准。十二月，明廷接到毛文龙辩疏，称入登州一事是因为截杀西犯的后金军而被大风吹到该地，并痛骂庙堂诸臣中有“如鬼如蜮，妄造谤言，以渎圣听，而隳各敌边任事之心，诛不待时者”，请崇祯帝不要听信谗言。崇祯帝对毛文龙的辩解不置可否，要求他“竭力图功，人言自息”。

就在此时，袁崇焕出台了禁海改道之令，即禁止船只从登莱一带出海，将原本起于登州的东江运道改为从山海关起运，在觉华岛换船，一切船只需得督师衙门挂号才可出海。崇祯二年（1629年）三月初七日，毛文龙得知袁崇焕的这道命令，极为愤怒，于三月十三日上疏力陈不可禁海改道，强调此举会造成缺粮，有引发东江兵变之虞。三月二十五日又报称有降夷作乱，都因这道命令而起。袁崇焕则派徐琏向东江借运送火炮、器械的机会会晤毛文龙，解释为何要禁海改道，并与毛文龙当面会晤袁崇焕。毛文龙同意，派部下都司熊万祥随徐琏到宁远，称自己将来宁远亲自谒见袁崇焕。四月下旬，毛文龙率40艘船出海赴宁远，但先去登州，登岸祭妈祖，并声言索饷，经登莱副总兵张可大与登莱道王廷试等官员交涉后才离开。此事再次使不利于毛文龙的舆论发酵，出身山东的江西道御史毛九华怀疑毛文龙两入登州意在“勒石太山，饮马淮泗”，更有传闻称毛文龙曾有“牧马登州，取南京如反掌”之语。随后，毛文龙前往宁远，见到了袁崇焕，只是简单的交谈几句，并约定在旅顺口之双岛举行第二次会晤，展开更详细的磋商。

崇祯二年（1629年）六月初一日，毛文龙和袁崇焕在双岛会晤。此后连日就粮饷、兵马等问题展开接洽，至六月初五日的会晤时，袁崇焕称奉密旨，下令逮捕毛文龙，命旗牌官张国柄用尚方剑将其斩首。在处决毛文龙前，袁崇焕还当众宣布其“十二当斩”之罪，具体项目如下：

毛文龙被杀后，东江部众大哭，袁崇焕加以抚慰，称只有毛文龙一人有罪，其余人无罪，并下发钱粮给将士，稳住军心。袁崇焕委任毛文龙的部将陈继盛暂署东江事，分东江为四协，安排陈继盛及毛文龙的养子毛承禄和自己的心腹徐敷奏、刘兴祚分别接管。同时，他上奏崇祯帝，汇报事情经过并请治擅杀之罪，崇祯帝予以嘉奖：“毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受。近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测。且通夷有迹，犄角无资，掣肘兼碍。卿能周虑猝图，声罪正法。事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。”但亦有记载崇祯帝刚听到毛文龙死讯的反应是“意殊骇”，只是因为正倚重袁崇焕而下达如此旨意。同样，京师朝野对此颇为疑惧，因为无论如何，毛文龙还在防御后金，并没有明确迹象表明他有必死之罪，据说还有人为之哭泣。同年冬，爆发了后金军入塞逼京的“己巳之变”，袁崇焕在入援过程中被崇祯帝逮捕下狱，后遭凌迟处死，罪状之一就是“谋款斩帅”，但被他所斩的毛文龙并未同时获得平反。崇祯三年（1630年）十月，毛文龙的旧部原东江游击周文煌奏请毛文龙恤典，崇祯帝称毛文龙“历年糜饷，牵制无功”，周文煌贸然上疏，本当处置，看在他是“愚弁”的份上不予追究，只批准毛文龙家属领埋其遗骨。崇祯四年（1631年）五月，毛承禄为养父喊冤，请求平反，亦未获允。无论明朝（包括南明）还是清朝，毛文龙始终未被翻案。

天启二年（1622年）六月，明廷正式任命毛文龙为平辽总兵官，授权他管辖自旅顺口到朝鲜西北部的大大小小的岛屿。理论上其辖区应称为“平辽镇”，但因其驻地在鸭绿江口以东的皮岛为中心的诸岛，被称为“东江”，故逐渐通称为“东江镇”。在东江开镇后，毛文龙即上疏提出自己的战略规划与人事方案。总体来说，仍沿用熊廷弼“三方布置”的思路，只不过根据形势变化和自身需要，三个复辽的支点由天津、登莱、广宁调整为东江、山海关、南四卫，即“山海出扼其颈，三岔焚截其腰，东南齐拊其背而蹑其尾”。同时强调应募辽人为兵，利用辽民对后金的敌忾之心来反攻辽东。为此，他请求给饷三十余万，挑选津、登各处辽丁二万，又募浙江精于火器者万余，各给盔甲器械，分驻各岛，以备反攻。熹宗将此奏下发兵部，兵部的结论是“文龙灭奴则不足，牵奴则有余”，可以拨给三十万两来“收其一臂之用”。对于毛文龙的战略，反对和质疑的声音不在少数，尤以夏之令为最。最后毛文龙的方案并未被明廷完全接受，明廷以山海关、登莱、东江为三方，而毛文龙的职责也被明确为“牵制奴酋”。总之，利用后金不习水战的特点，以东江镇作为基地，出动数千人规模的部队深入后金境内展开游击战，以此牵制后金，成为毛文龙所构建的东江海上防线的主要功能。据说毛文龙在敌后的游击作战使后金军疲于奔命，后金军将他比作老鼠（耗子），因而送他“毛耗”的绰号。但也有人质疑他的牵制作用（参见“历史评价”“人物争议”目录）。

除此之外，毛文龙所统领的东江镇还发挥着联络支援朝鲜以及招抚安置辽东难民的作用。当时，朝鲜与明朝的陆路交通已经断绝，朝鲜人又“未谙海事”，使臣船只经常覆没，因此东江镇作为中转站的作用就十分必要。出使朝鲜的明朝使臣也会经停东江镇，由此保障了中朝沟通的顺畅。所以，即使对毛文龙颇有微词的朝鲜方面亦承认“使本国海路不阻、得伸其事大之礼者，亦毛将力也”。另一方面，自后金攻陷辽沈后，大量辽东难民流亡朝鲜，毛文龙及东江镇的出现给他们一个容身之处，由此东江各岛“接屋甚盛，作一都会”。毛文龙曾在天启三年（1623年）向明廷自称“接渡辽民老幼男妇三十余万口”，同年又说“今接渡辽民三十七万多名口”，朝鲜方面也称毛文龙麾下有数十万辽民。而天启六年（1626年）出使朝鲜的姜曰广、王梦尹则估算“辽民来归者不啻十余万”，根据袁崇焕部将徐敷奏在毛文龙死后的清点，东江镇安插的难民不下八九万人。

毛文龙部队孤悬海外，拥众十万以上，而东江诸岛本身亦非产粮之地，毛文龙让麾下军民在朝鲜陆地上的宣川、定州、龙川、铁山等地屯田，可是由于屯种无多、收入有限，无法解决东江军民粮食短缺的问题。因此粮饷问题一直是毛文龙与明廷往复争论的焦点。开镇东江以后，毛文龙声称其麾下五万兵每年需饷银150万两，他只要100万两即可，并强调他在牛毛寨等处取得所谓大捷后之所以不能有所进展，就是由于粮饷不继。明廷向东江镇运输粮饷军械，主要仰赖天津、登莱二处发运，而以登莱为主要后勤支援基地。然而，明廷在财政上焦头烂额，捉襟见肘，故对毛文龙后勤支援经常不能兑现，或延宕不发，或数目不足，加之办饷官员常上下其手，贪污中饱，使户部所发之粮饷名实不符者甚多。毛文龙因粮饷之事与言官及登莱巡抚屡生龃龉。崇祯元年（1628年），明廷派人核实东江兵额，并裁为28000人，并准备更定东江饷银。新任督师袁崇焕主张东江应照关宁军例每兵月饷银1两4钱、米1斛，这样才能“鼓牵制之气”。毛文龙也坚持东江军应与关宁军同等待遇。户部尚书毕自严则认为东江军并无牵制后金的作用，不能享受关宁军的待遇，主张东江每兵月饷银7钱、米1斛，一年军饷银235200两、米168000石。经过袁崇焕、毕自严等人之间的反复讨论，到了十一月，户部正式议定东江军饷包含官俸、布匹、花红、廪饩、运价在内，每年银350460两、米168000石，得到崇祯帝批准。毛文龙在崇祯二年（1629年）闰四月后两次上疏抗议，力陈东江的财政困境，呼吁与关宁同饷，崇祯帝则要求他与袁崇焕商量。最后袁崇焕杀毛文龙时所列十二罪之中，冒饷即为其中一罪。故有人认为毛文龙“初则困于饷，继则厄于饷而终焉死于饷，此实为文龙之不幸，亦明廷之不幸”。

在明廷无法满足其粮饷需求的情况下，毛文龙为了获取粮饷，并不只依赖天津、登莱的海运，还采取“贷之朝鲜，通之商贾”的办法。前者指就近寻求朝鲜接济，如天启六年（1626年）海运受阻期间，朝鲜应毛文龙的要求，交易了超过15万石粮食，据说达到该国一年财政的三分之一。朝鲜在毛文龙生前累计接济米谷268700余石。明廷批准后，他便大力发展东江镇的贸易。由此，以东江诸岛为中心，形成了一个军人主导的海上贸易网络，在这个网络中，明朝商人和朝鲜商人是主角。在由明朝商人构成的商业网络中，晋商、徽商扮演重要角色。生丝、绸缎与布帛是中国商人销往朝鲜的主要商品，因此货源大多来自中国南方。而由朝鲜商人连接的贸易网络更是延伸到日本和后金。朝鲜输出的大宗商品主要为人参和貂皮，除了朝鲜本土所产人参外以外，还有部分人参系在后金境内盗采，貂皮更是主要通过与后金商人的走私贸易得到。对于后金商人来说，他们很可能从朝鲜商人手中购入了后金地区缺乏的布帛。甚至还有日本、暹罗的商人来东江贸易，证明了在16世纪以来全球性贸易空前繁荣的大背景下，东江势力掌控的海上诸岛一时成为这一更为巨大贸易网络中的重要组成部分。东江镇除了直接经营贸易以外，还以抽取商税为获利的主要手段。毛文龙死后东江镇变乱不断，对海上贸易之利的争夺也被认为是一个重要的因素。据崇祯元年（1628年）冬朝鲜接伴使赵希逸所刺探的东江情报，毛文龙部将曲承恩麾下有一队士兵专门负责挖人参，除了自己占有外，每年挖大约1000到2000斤，用来获利。由于毛文龙大兴贸易，所以东江镇“市肆之间，物货充韧，仓廪储积，亦为丰足”，军民基本都能温饱。

毛文龙驻扎于明朝属国朝鲜境内，势必处理同朝鲜的外交。朝鲜国王李珲（光海君）奉行中立外交，希望让朝鲜免于战火，不肯为上国明朝抵御后金出力，因此从一开始就不欢迎毛文龙，毛文龙在林畔遇袭，李珲难辞引导后金的嫌疑。朝鲜民众则起初对毛文龙颇为欢迎，时人称：“毛将昔来此，义气能感人。东人（指朝鲜人）皆爱慕，欲使其志伸。”但随着毛文龙部下官兵与辽东难民与朝鲜当地居民的纠纷与冲突越来越多，双方之间的关系也越来越紧张。后金则不断施压朝鲜交出毛文龙及其保护下的辽东难民，朝鲜无法做到，对此左右为难，其中立外交由此难以维系，最终切断了同后金的往来，这可以说是毛文龙对朝鲜起到的监督作用。

天启三年（1623年），李珲被其侄李倧（仁祖）推翻，明朝却认为其擅行废立，使其册封面临困境。李倧为了获得明朝的册封，不断示好于毛文龙，下令诛杀当年引导后金军突袭毛文龙于林畔的朝鲜西路边臣朴烨、郑遵，又同意毛文龙在朝鲜境内屯田煮盐，并表示愿意协助东江军共同抵抗后金。毛文龙便向明廷保奏李倧忠诚，李珲叛逆，建议批准对李倧的册封。由于得到毛文龙的助力，李倧在天启五年（1625年）如愿被册封为朝鲜国王，其合法性得以确立，并在册封使到来前于其必经之地安州（今朝鲜平安南道安州市）给毛文龙立了颂德碑。尽管如此，李倧和毛文龙之间的矛盾也在日益激化。朝鲜对东江军抗击后金的决心持怀疑态度，始终担心东江军“投虏”而逞凶于己，对东江军的军事实力亦极不信任，因而对东江、朝鲜联盟对抗强大的后金明显缺乏信心。朝鲜不愿毛文龙的军队轻易启衅后金而招致后金报复，以达到保境安民之目的，自己却无力制约毛文龙的军队，毛文龙亦无听命朝鲜之理，二者常在此问题上多有争论。加上毛文龙对朝鲜态度倨傲，盛气凌人，以海外监督自居，朝鲜则忍气吞声，对“天朝上国”的大将毛文龙亦无可奈何。在《朝鲜王朝实录》中，朝鲜君臣对毛文龙的抱怨比比皆是，不过其中亦存在不少不实之词。尽管如此，当明廷得知朝鲜在防备毛文龙时，朝鲜亦矢口否认，称自己与毛文龙“情义之殷，实无少损”“况于毛镇，其借之为辅车，庇之为帡幪，同心一力，务要共报皇恩，岂敢有一毫猜防之意乎？”

毛文龙与朝鲜彼此互相猜忌，在丁卯之役后更是螺旋式恶化。毛文龙屡屡截杀出使朝鲜的后金使者，更使朝鲜切感两面不是人，如当时负责与毛文龙交涉的平安道观察使金起宗所言：“毛将则责我以与虏通和，胡人则执言以容护毛将。处于两间，处置愈难。”毛文龙严禁幕客与朝鲜官员交往，以防范朝鲜，朝鲜方面亦观察到“都督性度躁急，喜怒无常，爵位隆重，气焰炽张，自以为人无加我”，因此表面上仍十分客气，“接之以诚，待之以礼”，但暗中则更加提防。毛文龙被杀之前，据说还提出袭取朝鲜，而朝鲜君臣也在密商“备御毛将之策”。双方当时的紧张关系可见一斑。

朱由检：

熊廷弼：弃儒从戎，志期灭虏，设防宽（奠）、叆（阳），凡夷地山川险阻之形靡不洞悉，兵家攻守奇正之法无不精通，实武弁中之有心机、有识见、有胆量、有作为者，岂能多得？

董其昌：幸有毛文龙者，持孤剑穿贼中，与其豪杰王一宁等设计盟誓，以二百人入镇江，擒逆贼佟养真等，献之阙下，且不费国家一把铁、一束草、一斗粮，立此奇功。……臣愚以为文龙纵无后功，但以镇江一事观之，此真奇侠绝伦，可以寄边事者。陛下试问满朝文武，从来有大将不费一铁一草一粮而能立功如文龙者乎？有能置身四陷之地、孤绝无援，能当忠义孑遗感发成功如文龙者乎？如此胆略，夫岂易得？使今有三文龙，奴可掳，辽可复，（李）永芳、（佟）养性可坐缚而衅之鼓下矣。

陈良训：夫今日所恃海外长城者，非毛文龙者乎？

孙承宗：

钱谦益：鸭绿江头建鼓旗，间关百战壮军威。青天自许孤忠在，赤手亲擒叛将归。夜静举烽连鹿岛，月明传箭过鼍矶。纷纷肉食皆臣子，绝域看君卧铁衣。

茅元仪：

黄尊素：毛文龙以游客舌干督阃，辽阳既陷，金、复、海、盖四卫杀掠一空，置为弃地，文龙乘虚袭金州，自居海中皮岛，每遇秋深，辄报边功，其夸大不情，至云奴马走死数万匹，所献之俘，老弱而已。毛术通内使，至必携貂参若干辆尽走帝侧，余及要人，故所求辄应。兵饷之外，发帑数万为军前犒赏者再。其功罪绝无可稽，但张皇不逊，请释王化贞，逮登州同知，不然解剑归朝鲜矣。无忌惮如此，此国家之痈疽也。

瞿式耜：夫登抚之设，为节制毛帅也；毛帅之设，为牵制虏酋也。试观文龙在海外数年，糜费朝廷数百万金钱，曾有一缕之功在封疆乎？曾有一旅之师蹑虏之尾乎？曾有一奇之出间虏之心腹乎？而日报捷音之鬼语，屡献自降之俘卒，杀戮无辜，诳欺君父，登莱抚军曾有一语驳正之乎？是设一文龙而国家有二虏之费，又设一登抚而国家受二文龙之欺也。

袁崇焕：

吴惟英：

黄景昉：

夏允彝：文龙当辽事破坏之余，从岛中收召辽人，牵掣酋奴，时时掩袭，颇有斩获，称有功。但渐骄恣，所上事多浮夸，索饷又过多，朝论多疑而厌之，以其握重兵居海岛中，莫能制也。

谈迁：岛帅初陷镇江，开皮岛，人俱以为功。浸浸日久，又俱以为罪。物故之后，传烽大举，人又思之不置。将东江偏隅，果足慑建虏之魄乎？曰：非也。皮岛去建虏较远，牵制本影响，而建虏善疑，得略为瞻顾，或未即决计而南向也。各塞例有饷部，皮岛独不设，专利则专祸，旋服尚方。彼伏波（马援）功成，珠犀之谤犹不免焉，矧岛帅乎哉？

张岱：

张国维：毛帅撑东北之半壁，内外震声，文墨吏忌而阴谋，死于非命，至今廷议诵冤，啧啧如岳武穆时事。若斯一腔忠愤，郁郁谁诉？即谢绝朝家事，恬退于三径中，毛帅之忠魂故时时入梦也。

黄宗羲：毛文龙者，钱塘人，辽抚王化贞之千总也。辽阳陷后，逃至皮岛，招流民，通商贾，数年遂为巨镇，然不过自营一窟耳。而掠沿海零丁，称为斩获，献俘欺朝廷以牵制辽沈。参貂之赂贵近者，使者相望于道。官至都督，挂平辽将军印，索饷岁百二十万，稍不应则跋扈恐喝曰：“臣当解剑归朝鲜矣！”而于广宁、旅顺、铁山之失，宁远、锦州之围，顾未尝有一蚉一䖟之劳也。其不能牵制，明矣。识者无不谓为疆埸之蠹。

毛先舒：公之用兵也严，赏罚必信，与兵士同甘苦，有古名将风。然恃其功能，于权要绝不肯馈遗。或送白银千两，须人参八百斤，公但如其银价报之，故怒之者多，亦以此致祸焉。

吴炎：

孟昭信、孟忻：

樊树志：诚然，毛文龙飞扬跋扈，不听节制，虚冒军饷，都是有案可查的，犹如割据一方的军阀。但是，他毕竟是明朝的大帅，在东江有着不可替代的牵制作用。……从全局看来，毛文龙不当杀，他作为平辽将军的存在毫无疑问对后金是很大的威慑力量，有着不可忽视的牵制对方军事力量的战略意义，即所谓“奴离窥关，则乘机捣袭，以断其后”。这是后金当局进关骚扰的最大后顾之忧。……后金把毛文龙视为眼中钉，派兵征讨难以奏效，又试图招降也没有收到什么效果。皇太极无法做到的事，袁崇焕帮他做到了，这岂不令亲者痛仇者快吗？以后的历史证明了这点。毛文龙被杀的直接后果便是几个月之后发生的“己巳之变”。这一事件从反面证明了毛文龙的牵制作用一且解除，后金便可以肆无忌禅地长驱南下，骚扰京畿重地达数月之久，足以发人深省。……毛文龙的部将孔有德、耿仲明等人在登州公然发动武装叛乱，几乎所向披靡，酿成山东大乱。它以一种令人遗憾的方式向人们表明，毛文龙的军队并非袁崇焕所说的那样只会冒饷不会打仗。不久，孔、耿率部投降皇太极，日后成了南下攻伐的一支相当有杀伤力的部队。当然，孔、耿的叛变责由自负，但袁崇焕“斩帅”起到了为渊驱鱼、为丛驱雀的作用，则是不可否认的。

杜车别：毛文龙是一个赤胆忠心，舍生忘死，为国赴汤蹈火、肝脑涂地在所不惜，不幸被冤杀的英雄，杀毛文龙的袁崇焕虽万死也不足以赎其罪！

李廷龟：

沈光世：毛将昔来此，义气能感人。东人皆爱慕，欲使其志伸。自从名位高，诚意渐不纯。后房拥爱妾，府藏堆金银。入保不出陆，畏死却逡巡。所为既如此，何日清胡尘？以是我天朝，终困于女真。

卫匡国：抗拒鞑靼人最有力的要数英勇盖世的大将毛文龙，他率领庞大的船队，占领鸭绿江口，近朝鲜的岛子，扰乱敌人后方，屡次获捷；鞑靼人全力对付这个敌人。……（鞑靼人）向他建议，如果他愿协助他们征服明朝，就可以得到半壁江山。但这个高尚、英勇而尽忠的人，愤怒地拒绝了。

相传毛文龙的母亲沈夫人在万历三年（1575年）曾梦见天上有五个飞驰骑行的轩冕之人（一说金甲神骑），最后一个坠地，一个老太婆将其举起，交给沈夫人。做完这个梦后没多久，沈夫人就怀上了毛文龙。

据说毛文龙年轻时向黄山人学过遁甲之术，很久以后，忘其要领，又买了一个骡子，前往中南山（可能是终南山）访遇山人，重新学会。另有记载说毛文龙少年时期游手好闲，颇有口才，学习相面之术，在杭州闹市大街上给人看相来赚钱，杭州人都管他叫呆子。

在许多传说中，毛文龙与比他早生一百八十年、同样出生在杭州的明朝忠臣于谦有不解之缘。相传努尔哈赤起兵后，有人在杭州西湖边的于谦祠祈签，得中吉，有“争道杭州出状元”之句，便决意请缨前往辽东抗金，但这其实预言的是毛文龙。

毛文龙本人亦曾祈梦于于谦祠，早年他还叫毛伯龙时，曾梦见自己谒见于谦左右的神像，神像对他说：“你是毛文龙。”毛文龙随口答应，于谦便向他作揖。祠堂中有面牌位，上有“岳飞”两个金字，随后他看到武士带刀而出。醒来后，他就改用“文龙”之名。这预示将遭遇岳飞和于谦同样的悲剧命运。

毛文龙死后，他在杭州的遗孀张氏初听死讯，颇感怀疑，便询问毛家的亲友钟万里。钟万里说：“昔振南（毛文龙）祈梦，于忠肃授诗，前联云：‘欲效淮阴，老了一半。’盖韩信二十七岁为大将，振南五十二岁作元戎，非老了一半乎？后联云：‘好个田横，无人为伴。’盖田横有五百人同殉岛中，今云无人为伴，是自死于岛矣。”果然就传来了毛文龙死于双岛的确切噩耗。

毛文龙能脱颖而出，全靠王化贞拨给他兵力袭击镇江，毛文龙对王化贞的知遇之恩十分感激。王化贞、熊廷弼均因广宁陷落而下狱论死，毛文龙屡次以自己的官爵请赎王化贞之罪，虽未得到明熹宗和崇祯帝两个皇帝的批准，但熊廷弼早被处死，王化贞却一直活着，不能不说与毛文龙的解救有关。直到毛文龙死后三年，王化贞才被处死。

据17世纪法国耶稣会司铎奥尔莱盎（Pierre-Joseph d'Orléans）记载，毛文龙曾接触过当时来华的西方天主教传教士，并曾学习葡萄牙文，从葡萄牙人那里了解西方军事理论。但此段说法在中国史书中没有记载。不过毛文龙确实关注过西洋大炮，曾让解事人张寿仿制四门，两门在皮岛，两门在獐子岛。

天启二年（1622年）十一月，一个叫王世杰的辽民前来投奔毛文龙，称鹿岛有积粟数千，而他与守将关系好，愿为内应，助毛文龙夺岛。毛文龙相信他的话，率麾下骁将王辅一起前去袭击鹿岛，王辅以王世杰为向导，率先登岛，派斥候前去侦察，发现草中有伏兵，岛上有人喧闹毛文龙来送死，王世杰也逃走，原来他是后金所募的间谍。王辅将王世杰抓来斩首，返回船上。毛文龙望见这一幕，准备撤离，发现潮已退去十余里，船只无法移动。毛文龙向上苍祈祷，很快就潮涌风生，毛文龙得以扬帆而归。后金兵为潮水所阻，无法追击，十二月初一日辰时，毛文龙刚回到皮岛，船只马上就被风浪击碎，毛文龙才知道此潮为神助。

据说，毛文龙曾将无辜辽民当做后金俘虏献给明廷，事先给辽民灌了哑药。登莱参政谭昌言发现情况不对，便寻得解药给那群“俘虏”喝，十天后，“俘虏”们能开口说话了，都说自己本来是辽民，告诉了事情真相。明廷便将他们安置务农。

相传毛文龙在母亲过生日时，曾邀请著名书法家陈继儒撰写祝寿文，约定以千金为报酬。结果这笔钱却被毛文龙给了朝廷派到东江的宦官。陈继儒怀恨在心，等崇祯初钱龙锡入阁时，便向钱龙锡提议让袁崇焕杀掉毛文龙。袁崇焕落马后，钱龙锡也受其牵连而下狱论死，钱家子弟将其归咎于陈继儒，便每天跑到陈家谩骂。

毛文龙生前所遗的部分奏疏、揭帖、塘报被其子毛承斗辑为《东江疏揭塘报节抄》，由与毛家关系密切的东海放鹤道人（原名不详）评注。另有部分文书散见于《熹宗实录》《崇祯长编》《两朝从信录》《明清史料》《东江遗事》等以及朝鲜文献中。不过这些文字一般都由其幕客代笔，基本不是其本人所作。朝鲜野史《春坡堂日月录》收录了据称是毛文龙所作诗“孤臣白发映寒旌，一上秋风海上城。霜拂铁衣银浪动，电开金匣玉龙惊。三更月冷将军幕，万灶烟沈壮士营。塞曲数声人尽泪，萧萧边马皆悲鸣。”不过此诗应为朝鲜文人李民宬于万历二十年（1592年）作于朝鲜江陵。

关于毛文龙的史料十分丰富，除了毛文龙自己留下的《东江疏揭塘报节抄》，明朝、后金、朝鲜都对他有大量记载，因各种人所处立场的不同，对事实的记录和解释互有出入，从而使毛文龙的形象十分复杂。所以，自明末以来，人们对毛文龙的作为就毁誉参半、聚讼纷纭。时至今日，学界依然莫衷一是。孟昭信、尹韵公、陈涵韬、郑宪春等学者及民间研究者杜车别等为毛文龙辩诬，认为他功大于过，是抗金英雄，将他的死视为千古奇冤；李光涛、阎崇年、陈生玺、姜守鹏、王荣湟等学者认为毛文龙过大于功，是割据军阀，将他的死视为罪有应得。另有许振兴、樊树志等学者认为毛文龙虽然劣迹不少、问题很大，但也不应被杀。综合整理他们的观点，围绕毛文龙的争议主要体现在如下五个方面：

天启五年（1625年），朝鲜曾应毛文龙要求，在朝鲜西北部的安州为其立颂德碑，以便让必经安州的册封使看到。碑文有金瑬与全有亨两种版本。后不存。

丹东大鹿岛上的毛文龙碑亭内列有两块石碑——《重修古刹寺碑》和《新建望海寺碑记序》，分别立于天启六年（1626年）和崇祯元年（1628年），前者字迹不清，后者的正面由王姓生员撰写碑文，简述副总兵王承鸾创寺缘由以及恢复辽东的誓愿，背面镌刻着东江众将士的官职和姓名，因以毛文龙为首，故通称“毛文龙碑”。“文化大革命”中，这两块碑遭到了破坏，1979年，东沟县政府修复两碑，并修建了庙式碑亭。

毛文龙墓在杭州西湖边的积庆山，今已不存。辽宁金州则有传说称毛文龙的尸首被当地夏家人和苏家人先后埋葬，并留下毛茔子村的地名。

崇祯年间，江南地区流传的三部辽事小说《近报从谭平虏传》（作者吟啸主人）、《辽海丹忠录》（作者陆人龙）、《镇海春秋》（作者吴啸客）都有大量关于毛文龙的描述，其中后两者的主人公就是毛文龙。在三部小说中，毛文龙都以正面的英雄形象出现，袁崇焕则被指为自毁长城的奸臣。

顺治年间，松江人陆应旸（江左樵子）所撰《樵史通俗演义》则对毛文龙采取贬低立场，说他“好为大言，没甚本事”，只因结交阉党而升为一方总兵，冒饷贪功，飞扬跋扈，甚至连自己的弟弟都杀害。