据《新续高僧传》卷九《智旭传》载：智旭著述有四十余种。智旭本人在《棱伽义疏》后《自序》中也承认自己的著述“颇多”。他在世时，就有《闽游集》等书行世。他逝世以后，其弟子将他的所有撰述辑成《释论》和 《宗论》两大类。《释论》包括以下各书：

《阿弥陀要解》一卷、《大佛顶玄文》十二卷、《准提持法》一卷、《金刚破空论》（附《观心释》二卷、《心经略解》）一卷、《法华会义》十六卷、《妙玄节要》二卷、《法华纶贯》二卷、《斋经科注》一卷、《遗教解》一卷、《梵网合注》（附《授戒法、学戒法、梵网忏法问辩》一卷）八券《优婆塞戒经受戒品笺要》一卷、《羯磨文释》一券、《戒本经笺要》一卷、《毗尼集要》十七卷、《大小持犍度略释》一卷、《戒消灾经略释》一卷、《五戒相经略释》一卷、《沙弥戒要》一卷、《唯识心要》十卷、《八要直解》八卷、《起信裂网疏》六券、《大乘止观释要》四券、《大悲行法辩讹》（附《观想偈略释》、《法性观》、《忏坛轨式》三种）一卷、《四十二章经解》一卷、《八大人觉经解》一卷、《占察行法》一卷、《礼地藏仪》一卷、《教观纲宗并释义》二券、《阅藏知津》四十四卷⑤、《法海观浪》五卷、《旃珊录》一卷、《选佛谱》六卷、《重订诸经日诵》二卷、《周易禅解》十券、《辟邪集》二卷。

智旭的上述著作共四十二种一百八十卷。他的《宗论》，即《灵峰宗论》三十八卷，收入智旭一生所有杂著。

智旭的著述中，《阅藏知津》是一部极其重要的书。这是智旭一生阅藏的笔记。其中对 《藏经》有分类、有目录、有提要，对每一经、律、论都有说明，如一经的同本异译、卷数、版本等，还有评语。他花了二十年的时间才写成这部书。对希望阅藏的人来说这是一部难得的参考书。

智旭的禅，是承延寿、梵琦、真可的文字禅。他参禅的最初动机，是由听《楞严经》和《成唯识论》，于性相二宗教理不能融会而起疑。后来他教人参究，也只是‘究此瞥起一念，起处无从，全依真性。然真非妄因，何因起妄？真非有外，妄岂外来，展转简责’，以为银墙铁壁话头（《宗论》五之二）。这只是寻求性相会通的推理而已。他常自述学禅经过，力戒‘堕禅病’和‘误中宗门恶毒’；痛斥狂禅暗证，以为‘独自远行不问路程，必定有误’（《宗论》四之三）。主张‘教内自有真传’（《宗论》六之二），自称‘但从龙树通消息，不向黄梅觅破衣。’（《宗论》九之二）。所以他修的禅，后来就会归于天台教观了。

智旭于三十二岁注《梵网经》，才开始研究天台教义。他于宋人极推崇知礼的《妙宗钞》，以为不可更动一字。于明人唯称许传灯的《生无生论》。他的天台宗学说，即是继承这两人的系统。但他也有与两人不同的见解。关于教判，智旭安立了贯通前后的五时说，修正了《四教仪备释》‘阿含十二（年）方等八（年）’等说法（《教观纲宗》通判五时论）。在化仪四教的秘密教中，他区分秘密教与秘密咒，将一切陀罗尼章句收于秘密咒下，这也与台宗旧有教判不同。关于教理，他主张性具善恶与色心双具理事两重三千，与山家的主张完全相同。虽然他有时也说‘众生现前介尔心性，本无实我实法，亦无五位百法百界千如差别相’，略近山外‘理具三千无相’的主张，但不是他的主要思想。关于观法，他也沿用山家的妄心观，以现前一念妄心为止观的直接对象，但更注重实际应用。他与传灯仅曾见过一面，并没有从传灯学教。传灯继承善月、真觉的主张，判《楞严》属于方等，又批判华严宗和禅宗，智旭都不同意，以为台宗应遍摄禅、律、法相，否则就不能成其绝待之妙了（《宗论》二之五）。他常以《起信论》解释天台宗旨，又用唯识解《起信论》，乃至用唯识解天台教义。在智旭的时代，唯识宗的注疏是很贫乏的。他所根据的有关唯识的著述，主要是《宗镜录》。此录即是会通天台、贤首、慈恩诸宗的，智旭继承了这种思想，也说‘马鸣、龙树、护法同契佛心’（《起信论裂网疏》自跋）。他虽深究台宗，但因不满台宗末流的门户之争，所以一再声明自己‘究心台部不肯为台家子孙’，‘私淑台宗，不敢冒认法脉’。

智旭为纠正宗门流弊，决意宏律，曾遍阅律藏三次，致力于大小乘律藏的疏释和讲说。他着《梵网经疏》依据台宗见解，对于别解脱戒直宗《四分律》，旁采诸家，并参考大乘律。至于主要的著作则为《毗尼事义集要》。在律学这一方面，他可称为元照以后的唯一大家。但他对于戒律重视实践，当时响应的人很少，他为此事非常痛心，在文字里常流露他的悲观失望。

智旭的禅教律学，后来都指归净土。一般净土宗徒，都以为智旭是袾宏的继承者。但智旭平时推崇袾宏的却偏重在戒律，而不在净土，只以净土摄一切佛教，以《阿弥陀经》为中心教典而重视持名，又主张禅净合一，这些都与袾宏一致而已。智旭所认为净土的要典，都收在《净土十要》内，但其中并没有收袾宏的著作，而特别推崇的却是传灯的《生无生论》和袁宏道的《西方合论》。

智旭的净土思想，曾经过几个时期的演变。他二十二岁丧父，闻地藏本愿而发心念佛。这是结合儒家思想为报父母恩而念佛，只是单纯的持名。二十八岁丧母闭关，以参禅工夫求生净土，说‘禅者欲生西方，不必改为念佛。但具信愿，参禅即净土行’（《宗论》四之三），则又偏重于理持。三十岁至四十岁，他多疏释律部，结坛忏愿，以‘生宏律范，死归安养’自矢。后十年中，他多疏释经论，融通性相诸宗教理，于四十九岁着《弥陀要解》，始形成最后的净土思想体系。

智旭于净土三经中主要所宗的是《阿弥陀经》；所以他关于净土教理的主要著作，也就是《弥陀要解》。此书先依天台宗五重玄义方式，说明此经以能说所说人为名，实相为体，信愿持名为宗，往生不退为用，大乘菩萨藏无问自说为教相。又以《阿弥陀经》总摄一切佛教，以信愿行总摄《阿弥陀经》一经宗旨。在智旭以前，宋代遵式作《往生净土决疑行愿二门》，已包含了信愿行。传灯《生无生论》更正式提出‘一念之道有三，曰信、曰行、曰愿。’智旭所立信愿行，即是继承他们的主张，而加以更深细的阐发。《要解》将信的内容分为∶信自（一念回心决定得生，自心本具极乐），信他（弥陀决无虚愿，释迦及六方佛决无诳语），信因（散乱称名犹为佛种，一心不乱宁不往生），信果（净土诸上善人皆由念佛得生，如影随形决无虚弃），信事（实有极乐国土，不同庄生寓言），信理（西方依正，不出现前一念心外）。愿的内容是‘厌离娑婆，欣求极乐’。行的内容是‘执持名号，一心不乱。六字持名，念念欣厌具足，信决愿切，由此就能历九品生，净四种土’。他主张‘即以执持名号为正行，不必更涉参究’、‘参禅必不可无净土，净土必不可夹禅机’。所以他所宏的是偏重持名的净土教。

但智旭又将持名分为“事持”与“理持”，说“事持者，信有西方阿弥陀佛，未达是心作佛，是心是佛，但以决志愿求生故，如子忆母无时暂忘；理持者，信西方阿弥陀佛是我心具心造，即以自心所具所造洪名为系心之境，令不暂忘。”理持就是唯心净土的教义。因此，智旭所说的念佛，有广狭二义∶狭义唯指持名，广义即含摄一切佛教。他说念佛三昧有三种∶

(1)念他佛∶以弥陀果德庄严为所念境，或念名号，或念相好，或念功德，或观正报，或观依报，如东林诸上善人。

(2)念自佛∶观此现前一念介尔之心，具足百界千如，与三世佛平等，功深力到，豁破无明，如南岳、天台、禅宗诸祖。

(3)自他俱念∶了知心佛众生三无差别，托彼果上依正，显我自心理智，感应道交自然不隔，如永明（延寿）、楚石（梵琦）（《宗论》七之四）。

于此他最推重的是禅教合一摄归净土的延寿和梵琦。智旭最后的净土思想，是将禅宗的参究归纳于天台教观，又以天台教观应用于念佛法门；他作念佛即禅观论，说∶‘究此现前一念心性名为参禅，达此现前一念心性名为止观，思维忆持现前一念心性名为念佛。’（《宗论》五之三）。天台既圆摄一切佛教，念佛也就圆摄一切佛教，持名一法就能统摄一切宗、教、事、理，故智旭晚年的持名是‘以般若为导，以净土为归’，‘以悟道为先锋，念佛为后劲’，悟后起修的持名，与袾宏所说∶‘无智称念’有别。

智旭目睹当时佛教中门户分歧的流弊，所以发扬延寿、袾宏等的思想，力求佛教诸宗的调和。他在理论上融会性相，在实践上调和禅净，而主张禅教律三学统一。他说∶‘禅者佛心，教者佛语，律者佛行，（中略）不于心外别觅禅教律，又岂于禅教律外别觅自心，如此则终日参禅、看教、学律，皆与大事大心正法眼藏相应于一念间。’（《宗论》二之三）三学摄归一念，以念佛总摄释迦一代时教，为智旭思想一大总结。清以后台家讲教大多依据他的经论经疏，形成了合教、观、律归入净土的灵峰派，一直延续。后人并奉他为净土宗第九祖。

智旭受儒家思想影响处甚多，自称‘身为释子，喜研孔颜心法示人。’他由于读了袾宏的《自知录》始不辟佛，《自知录》就是综合儒佛的著作。对于儒佛的异同，智旭以为约迹约权而说是不同的，儒家所说‘天命之谓性’、‘太极生两仪’等都是‘非因计因’的见论，约实约本来说，儒家的圣人都是菩萨化现，方便说法（《宗论》六之二）。他说∶‘儒禅教律无非杨叶与空拳。’又说∶‘以禅入儒，是为诱儒知禅。’所以他说儒释一致，事实上是一种化导方便，并不是真将儒释等量齐观的。 （隆莲）

《灵峰宗论·卷首·八不道人传》

《净土圣贤录》卷六；《蕅益大师宗论》卷一；《中国净土教理史》（《世界佛学名著译丛》）；《净土宗史与宗师》（《现代佛教学术丛刊》）；圣严着·关世谦译《明末中国佛教之研究》；郭朋《明法佛教》第二章；高峰了州《华严思想史》；阪本幸男（等）《法华经の中国的展开》。