机构名。晚清管理全国海关关税及海关行政事务的机构。据咸丰八年（1858） 被迫签订的《天津条约》，于咸丰十一年成立于上海，同治四年（1865）八月迁北京。从成立之日起，名义上隶属于总理衙门或外务部，实际上是一个由外国人控制的独立机构。总税务司署设总税务司一人，掌握全国海关关税、行政及关员任免等事务。后来添设副总税务司一人协助之， 于宣统二年（1910）撤去。

税务司署下设五科三处，即：负责本署及各海关事务的总务科，负责机要文件的机要科，总辖海关会议兼管债务、赔款并审查各海关会议事务的统计科（该科掌会计、税收账目、不动产业、养老金账目、常费账目等），负责各关汉文报告及总税务司署与政府各部门往来公文的汉文科，负责海关官员任免事务的铨叙科；设于上海负责编制、印刷、统计及供应纸张、账册、文具的造册处，设于伦敦负责采办海关用品、招用人员、接洽偿还各国借款、支付关员来往旅费事务的驻外办事处，设于京师专门负责政府委办的内债基金事宜的内债基金处。以上五科三处，均设主任一人、副主任若干人，皆为洋员，仅有帮办若干人由华人充任。总税务司署所辖全国各海关，各设税务司一人，副税务司一至二人，除清末在西藏的亚东关署税务司外，均以洋员充任，直接听命于总税务司。其下另有帮办若干人及扦子手头目等。