1955年，当选为中国科学院学部委员（院士）。

1962年2月15日，在上海逝世，享年68岁。

庄长恭确证了麦角甾烷结构，推测了麦角甾醇的结构，设计了带有角甲基双酮a-酮的合成方法，研究了甾族边链的氧化断裂。从中药防已分离出防已碱和防已诺林碱，并阐明其结构。对有机合成，特别是甾体化合物的合成与天然有机化合物的结构作出研究。

截至1962年2月，庄长恭一生发表论文数十篇。他的主要论文有《麦角甾醇的结构》《（1）甲基－环已烷乙酸》《草酸酯与甲基－丙三羧酯的缩合》等。

庄长恭首次在中国国内建立了有机微量分析学科。

庄长恭备课时除反复推敲内容外，还注意如何讲才能使学生易于接受，易于了解，能在教学过程的潜移默化中授学生以为人之道、为学之道。他尝谓：吾人首先要有志于学，对所学学科感兴趣，这是学好的思想基础；其次，要注意植基，基础不好，想一步登天，不符合客观规律，也就不可能实现，犹如建造大楼，基础不牢，就容易倒塌；第三，要有毅力，能坚持，要锲而不舍，百折不回，这样的人才能成大器；第四，要独立思考，前人工作，有正有误，要通过自己思考，认识到正、误之缘由，才能在前人工作之基础上，有所发明创造。例如他讲有机化合物生色理论时，开始介绍生色团、助色团等，接着告诉学生不要满足于只知道琴的声音发自何处，还得思考琴弦为何能发出声音来，于是再介绍电子振动吸收一定波长的可见光波而产生补色的理论。这样，不但把问题讲清楚了，还启发了大家认识自然必须逐步深入，要有打破砂锅问到底的精神。

1924年起，庄长恭教授先后任教于东北大学、国立中央大学、德国哥廷根大学、明兴大学等校达九年，讲授有机化学、有机合成等课。

庄长恭培养的学生后来有的成为了有机化学等领域教学和研究的骨干力量，如药物化学家高怡生院士，有机化学家黄耀曾院士等。

庄长恭育有三个儿子，有两个从事化学专业，其长子是庄亚辉。

“庄先生（庄长恭）在人工合成甾体化合物方面的工作在当时全世界范围内都很超前，可谓前无古人。从他发表文章的杂志看，他的工作得到了国际认可。”（有机化学家戴立信院士评）

“庄长恭是中国有机化学学科的先驱者，有机微量分析的奠基人。他以高尚的品德、严谨的治学和献身科学的精神，赢得了人们的尊敬。”（中国农业大学校友会评）

“庄长恭是中国化学界的一面旗帜。”（时任中国科学院院长郭沫若评）

“庄长恭备课认真，取材精当，讲解深入浅出，效果甚好。”（东南大学评）

1993年，上海市化学化工学会设立了庄长恭化学化工科技进步奖，激励在基础研究方面有突出贡献的中青年科研人员。

1994年12月26日，纪念庄长恭诞辰一百周年暨铜像揭幕仪式在中国科学院上海有机化学研究所举行。

2017年，中国科学院上海有机化学研究所与华东师范大学联合建立了庄长恭研究所。