京卫亲军直隶于五军都督府，京卫中管营造的卫隶于工部，此外还有屯戍陵寝的诸卫。外卫分隶于都司、行都司或留守司。各卫统领本卫及属所的军政，指挥使，指挥同知、指挥佥事的职掌分工类似于都司，凡指挥使、同知、佥事负责管理卫事者，称为掌印、佥书，分管屯田、验军、营操、巡捕、漕运、备御、出哨、入卫、戍守、军器等事务的，称为见 (音义同现)任管事，不负责具体职事的，则称为带俸差操。出征时，各卫率领其属所听从主帅总兵官的调度。