龙凤十二年（1366）维扬府、宣城府分别更名扬州府、宣州府；淮安路、高邮府、安丰路来属江淮行省；同年省江淮行省入中书省，同时安丰路、淮安路分别改置寿春府、淮安府；同年湖州路、嘉兴路分别改置湖州府、嘉兴府来属；

吴元年（1367年）寿春府降散州，濠州升临濠府；新安府、宣州府分别更名徽州府、宁国府；平江路改置苏州府，与松江府来属；

洪武元年（1368）高邮府降散州；同年定应天府为南京，为国都；

洪武二年（1369）定临濠府为中都，泗州、寿州分别升泗州直隶州、寿州直隶州；

洪武四年（1371）泗州直隶州、寿州直隶州俱降散州；广兴府降广德直隶州；

洪武六年（1373）临濠府更名中立府；七年（1374）中立府更名凤阳府；

洪武十一年（1378）改南京为京师；

洪武十三年（1380）废中书省，中书省直辖府州改为直属六部，仍俗称直隶；

洪武十四年（1381）徐州升为徐州直隶州；湖州府、嘉兴府另属浙江行省；

洪武二十二年（1389）和州、滁州分别升和州直隶州、滁州直隶州；

永乐十九年（1421年）改京师为南京，直隶改称南直隶；

洪熙元年（1425年）复改南京为京师；

正统六年（1441年）复改京师为南京；

万历末年常州府更名尝州府。

府治在今江苏省南京市

辖附郭县：上元县、江宁县

其他辖县：句容县、溧阳县、溧水县、高淳县、江浦县、六合县

府治在今安徽省凤阳县

辖附郭县：凤阳县、临淮县

其他辖县：怀远县、定远县、五河县、虹县

属州及其辖县：寿州辖（霍丘县、蒙城县）；泗州辖（盱眙县、天长县）、宿州辖（灵璧县）、颍州辖（颍上县、太和县）、亳州

府治在今江苏省淮安市淮安区（原县级淮安市）

辖附郭县：山阳县

其他辖县：清河县、盐城县、安东县、桃源县、沭阳县

属州及其辖县：海州辖（赣榆县）、邳州辖（宿迁县、睢宁县）

府治在今江苏省扬州市

辖附郭县：江都县

其他辖县：仪真县、泰兴县

属州及其辖县：高邮州辖（宝应县、兴化县）、泰州辖（如皋县）、通州辖（海门县）

府治在今江苏省苏州市

辖附郭县：吴县、长洲县

其他辖县：吴江县、昆山县、常熟县、嘉定县

属州及其辖县：太仓州辖（崇明县）

府治在今上海市松江区

辖附郭县：华亭县

其他辖县：上海县、青浦县

府治在今江苏省常州市

辖附郭县：武进县

其他辖县：无锡县、宜兴县、江阴县、靖江县

府治在今江苏省镇江市

辖附郭县：丹徒县

其他辖县：丹阳县、金坛县

府治在今安徽省合肥市

辖附郭县：合肥县

其他辖县：舒城县、庐江县

属州及其辖县：无为州辖（巢县）、六安州辖（英山县、霍山县）

府治在今安徽省安庆市

辖附郭县：怀宁县

其他辖县：桐城县、潜山县、太湖县、宿松县、望江县

府治在今安徽省当涂县

辖附郭县：当涂县

其他辖县：芜湖县、繁昌县

府治在今安徽省池州市

辖附郭县：贵池县

其他辖县：青阳县、铜陵县、石埭县、建德县、东流县

府治在今安徽省宣城市

辖附郭县：宣城县

其他辖县：南陵县、泾县、宁国县、旌德县、太平县

府治在今安徽省歙县

辖附郭县：歙县

其他辖县：休宁县、婺源县、祁门县、黟县、绩溪县

州治在今江苏省徐州市

其他辖县：萧县、沛县、丰县、砀山县

州治在今安徽省滁州市

其他辖县：全椒县、来安县

州治在今安徽省和县

其他辖县：含山县

州治在今安徽省广德县

其他辖县：建平县