1949年置第二专区，专署驻南平县（今南平市延平区）。辖南平、古田、沙县、顺昌、尤溪、将乐、建宁、泰宁、屏南9县。

1950年，第二专区改称南平专区。

1956年，原建阳专区所属建阳、建瓯、浦城、邵武、崇安、松溪、政和、光泽、水吉9县；原永安专区所属明溪、三元2县及原闽侯专区所属闽清县划入南平专区；撤销明溪、三元2县，合并设立三明县；撤销水吉县，并入建瓯、浦城、建阳3县；析南平县设南平市。南平专区辖1市、19县。

1959年，将闽清县划归闽侯专区；松溪、政和2县划归福安专区。1960年，以三明县城区设三明市，由省直辖；将三明县划归三明市；撤销南平县，并入南平市。南平专区辖1市、14县。

1963年，将古田、屏南2县划归闽侯专区；由南平市和建瓯、顺昌2县析置建西县。专区辖1市、13县。