同治九年（1870年）七月，黄崇英利用冯子材班师入关之机东山再起，阮朝官军被打败，刘永福于八月向阮朝请求围剿黄崇英，越王阮福时指示：“以蛮攻蛮，一要著也，可善激用之，但野性难驯，勿使过望，转成难制。”同意让刘永福对付黄崇英。刘永福一是派出黑旗军部分将士与冯子材所部清军会剿。冯子材派部将杨瑞山、冯月亮来保胜见刘永福，邀刘永福派兵助战，答应事成之后赏给刘永福蓝翎功牌。刘永福马上从黑旗军中挑选精壮，编为福字前后两营，交部将农秀业率领前去和清军会剿。这两营黑旗军作战英勇，协助冯子材攻下了黄崇英的根据地河阳。后来，冯子材果然赏给刘永福四品蓝翎功牌，并给木质关防一颗。刘永福自己也率领黑旗军的主力在兴化省一带和黄崇英作战，并在龙鲁将黄崇英打伤。随着刘永福在越南北圻站稳脚跟，入越的广西农民军的几支队伍如杨著恩、吴凤典、黄守忠等部先后前来投奔，特别是黄守忠部，使原来只有几百人的黑旗军很快扩展到2000余人，成为越南北圻的一支举足轻重的武装力量。 同治十二年（1873年）九月，因击败黄旗军、收复湖宁、立石两县之功，阮朝政府命刘永福权充兴化保胜防御使。当时，刘永福虽有越南官员的身份，但依然留着辫子、穿清朝衣服，只在与越南官员相见时将辫发盘成发髻，穿上越南官服，随后扔在一边。

刘永福崛起之日，正值越南多难之秋，内忧外患，国无宁日。同治十二年（1873年），法国交趾支那殖民当局为了打通从红河通往云南的航路，派海军上尉安邺率领56名士兵（后增至100余名武装人员）入侵越南北圻，十月初一日攻陷重镇河内省城（怀德府），越南守臣阮知方殉国。越南北圻统督黄佐炎是刘永福的上司，之前曾多次保举刘永福升官，两人关系较好。在得知河内失守的消息后，黄佐炎就调刘永福去抵御安邺。刘永福接到军令，就率黑旗军将士数百人兼程南下，赶到离河内城只有十里的罗城地方安营扎寨。黄佐炎所领越南官兵则后退二三里。双方议定由黑旗军充先锋杀敌，而所有建筑营垒、守营看更、解运粮食等事情则由越南官兵承担。十一月初二日（12月21日），黑旗军来挑战，正在与越南官员陈廷肃谈判的安邺闻讯后，急忙带20名法军和几名越南土兵及一门山炮出城迎战，黑旗军佯装撤退，将安邺引入自己设下埋伏的纸桥，斩安邺及其麾下将士十多人。这是刘永福对法的第一战，但当时阮朝已决定对法妥协，越南官员也在河内城内同法国人谈判，因此越王阮福时对此役评价不高，说：“刘团诱杀安邺，特出一辰（即其名讳“时”的避讳字）计取，若堂堂正正与之角胜，想亦难于持久。”仅擢升刘永福为副领兵官。后来法国将河内归还越南，但同越南签订了《甲戌和约》，规定越南开放北圻和红河航道，并无视中国对越宗主权，称越南为自主独立国家，越南外交须与法国协调，埋下了十年后中法战争的种子。

此后，刘永福继续履行为越剿匪的责任，他的黑旗军也成为越南剿匪军队中的主力军。同治十三年（1874年）八月，他在兴化等地围剿黄崇英有功，被阮朝升为正领兵官，并正式允许黑旗军在保胜设关收税，每年抽税银五万两左右，其中三万两以补军用，黑旗军也逐渐发展到3000人。十月，阮朝调动兴化、谅山、高平、宣光四路大军进剿黄崇英，命刘永福权充三宣副提督，督率四路大军。光绪元年（1875年）七月，黄崇英芳渡社地方被清越联军生擒，随后凌迟处死。事后，经署云贵总督岑毓英保奏，清政府赏给刘永福四品顶戴。黄崇英被剿灭后，越南政府害怕刘永福阻挠法国通航云南，从而影响法越关系，故屡次试图将刘永福从保胜调到海宁（今越南芒街）或太原，均未果。刘永福也不愿再受越南政府调遣，曾向滇桂两省地方官员恳请允许回国谋生，说“宁为中朝千总把总，不愿作越南提镇大员”，但都遭到拒绝。其时黄崇英余部化整为零，继续活动于越北山区，越南官军无法剿灭，只能乞灵于黑旗军及清军，因此刘永福得以继续以保胜为根据地发展势力。光绪四年（1878年）冬，发生清将李扬才反叛入越之事。刘永福协剿有功，于翌年二月被越南政府实授三宣副提督，并封英勇将军。其后刘永福仍在越北随越南官军剿匪，但始终未能尽剿。

光绪七年（1881年），法国计划征服越南北圻，打通红河航道，并将越南正式变为他们的保护国。十月，中国驻法公使曾纪泽将法国即将用兵越北的消息报告清政府，引发清政府对越南问题的关注。清廷中枢要求相关督抚大员复奏对策，广西巡抚庆裕、两广总督张树声、云贵总督刘长佑、云南巡抚杜瑞联等均奏请联络刘永福。清廷中枢则认为“刘永福恐未可深恃，且虑形迹太露”，对此议反应消极。在此期间，一些法国商人或军人屡次试图进入保胜地区，均被黑旗军所阻，法方也在光绪七年（1881年）十一月正式照会越南政府，要求越南驱逐刘永福，否则将于来年由法国处置。在与法国关系紧张的十月，刘永福向阮朝提出回国为父母扫墓的请求。此前刘永福已提过两次，阮朝朝廷均未答应，此次见他去意坚决，便批准其五个月的假期，刘永福便在光绪八年（1882年）正月二十一日回到了阔别二十多年的上思平福新圩的故居，受到父老乡亲的热烈欢迎。他此行的真实目的则是争取清朝援助，在与广西左江道周星誉所派宣化典史王敬邦的会谈中，请求清朝粤、滇、桂三省出师二万，援越抗法。还未等到清廷答复，就从谅山巡抚梁辉懿所派使者那里得知法国海军中校李威利（李维业）兵临河内的消息，于是赶回越南。三月初八日，河内失守，越南守臣黄耀自杀，黄佐炎急调刘永福前来御敌，刘永福于三月十九日抵达越南山西，四月初一日在山西祭旗，准备出征。因为人手不够以及法国深陷埃及危机，李威利同意交还河内，于是阮福时命各军不得轻举妄动，后又要求刘永福撤走，以便与李威利谈判。五月初，在黄佐炎的劝说下，刘永福与后营卢玉珍、黄廷扬、曾际泰率兵600名回到保胜，同时安排黄守忠率黑旗军前营1200名勇堵守河阳，左营吴凤典带勇500名移扎山西省的不拔县，右营杨著恩带勇500名调守太原城，叶成林带前队勇300名驻扎兴化省的陇鲁。此后刘永福频频向刘长佑、黄桂兰等滇、桂军政官员求援，这些官员答应“暗助”，但除了在九月由云南布政使唐炯在木厂会晤刘永福并一次性拨付饷银一万两外，并无其他实质性援助。刘永福既被越南阮朝逼迫，从清朝那里也得不到实质性的援助，更有法国人一心要驱逐他，因而处境孤立，陷入困境。他甚至派黄守忠率兵以追剿余匪为名，进军十州（今越南莱州省、山罗省一带），探察情形，以备将来抗法事业失败，就将十州作为黑旗军的退路。

就在刘永福最困难无助的时候，清朝官员唐景崧请缨入越，欲说服刘永福重振意志，援越抗法。唐景崧先到越都富春（顺化），与阮朝高官会晤，确认其无抗法决心与猜忌刘永福的态度，在光绪八年（1882年）年底呈给清廷的奏折中强调要给刘永福接济军火和饷银。光绪九年（1883年），在唐景崧准备入越会晤刘永福时，越北局势急转直下。法国新上台的茹费理内阁决心加快征服越南北圻的步伐，李威利在其指示下再度出兵，在二月十八日占领南定省城。阮福时又倾向抗法，命黄佐炎积极抗战，黄佐炎又指令刘永福出征，但刘永福因上年抗法被阻挠而不再信任阮朝，以致“六调不至”。在这种背景下，刘永福和唐景崧在三月初八日会晤于是越南山西，唐景崧于翌日向刘永福提出三策，上策是称王越北（一说无此策），中策是进军河内，下策是固守保胜。刘永福经过几天思考，在三月十三日会晤唐景崧时决定选择中策。三月十九日，受到唐景崧鼓舞的刘永福在山西再次祭旗出征，赶往河内。李威利只有数百兵力，故无论刘永福如何挑战，都不出城应战，静待法国援军。刘永福几次打河内都无果，遂于四月初九日派黄守忠、吴凤典、杨著恩带兵四百人夜袭河内郊外的教堂，被教堂旁碉堡驻守的法军击退。但李威利却觉得教堂被袭让他很失面子，也不把刘永福放在眼里，便在四月十三日带四百余人出城进剿黑旗军。刘永福从城内的越南间谍那里得知这个消息，其部将杨著恩依旧在纸桥设伏待敌。由于此次法军人数众多，装备精良，故虽中伏，依然击退黑旗军，杨著恩牺牲。李威利更加轻视刘永福，率法军继续前进，在上安决村再次中伏，展开激战，黑旗军获胜，追过纸桥。此役中，包括李威利在内的32名法军阵亡（李威利被斩），52名法军受伤，黑旗军也付出了阵亡50人、受伤56人的代价，是为第二次纸桥大捷。越南阮朝为了表彰刘永福纸桥大捷的军功，晋升他为三宣提督，赐正二品冠服，后又封为一等义良男。

不过，清廷中枢受到李鸿章等主和派的建议影响，只是加强驻越清军的力量，尽量回避援越抗法，刘永福没有得力外援，也就无法乘胜追击，收复河内，只有唐景崧愿与他并肩作战。另一方面，侵越法军采取双管齐下、两路出击的计划，由孤拔率领七艘舰艇和1000名士兵直捣越都顺化，波滑率2000名士兵攻打黑旗军防守的北圻各据点。前者的行动因越南国力弱小加上越王阮福时死后的政局混乱而顺利实现，并签署第一次顺化条约（癸未和约），将越南正式变为法国的保护国；后者的行动则是七月十三日波滑进攻刘永福在怀德府的驻地，刘永福和唐景崧顽强抵抗，击退法军。十五日发洪水，冲毁黑旗军驻地，黑旗军被迫撤到三十里外的丹凤县。七月二十九日，波滑进攻丹凤，因洪水导致火力无法充分发挥以及黑旗军的顽强抵抗，被迫在相持三天后撤回河内。其后，刘永福移驻地势更高的青威县，准备伺机收复河内。此时，法军控制顺化的消息传来，越南政府命北圻诸臣停止抗法并停止给黑旗军发饷，声援刘永福的驻越清军听说越南投降后也撤离山西，其中滇军撤至兴化，桂军撤至北宁。黑旗军被迫退守山西，由云南每月助饷银五千两。唐景崧趁机再次向刘永福提出割据北圻称王的建议，刘永福不从，并觉得山西难守，有意退守保胜。唐景崧遂指使黄守忠向刘永福力争死守山西，刘永福便决意守山西，但此事也埋下了黑旗军分裂的祸根。

光绪九年（1883年）九月，中法谈判因法国逼迫中国承认《甲戌和约》而陷入僵局，清政府决定执行对法强硬路线，于九月二十二日下旨拨给刘永福、唐景崧十万两饷银，公开支援其抗法事业。刘永福派员回国，募兵1000人，唐景崧也请来滇军三营1000人来守山西。此时，孤拔已率海陆大军6000人及各种精良武器北上北圻，直扑山西。守山西的清军滇、桂和黑旗军虽然也有6000人，但有1000新募兵，只装备少量新式洋枪，其他多为旧式前膛枪、抬枪等，大炮也由笨铁铸成，远逊色于法军。十一月十四日，中法战争第一战——山西之战打响，刘永福经过三天血战，虽然暂时抵挡了法军进攻，但判断凭现有兵力与军火难以守城，便留下部分黑旗军守城掩护，率主力军撤退。十一月二十日，黑旗军与清军退至兴化。不久，岑毓英也率20营滇军来援，使刚遭溃败的黑旗军与清军稳住阵脚。光绪十年（1884年）正月，刘永福向法军新司令米乐下战书，米乐假意约定二月初二日开战，但实际上却转攻桂军驻地北宁。桂军向滇军求救，岑毓英派唐景崧和刘永福带领12营4000人从兴化驰援北宁，于二月初五日驻扎北宁省城外七里的安丰县。二月初八日，广西巡抚徐延旭的指示刘永福率兵进攻嘉林法军，刘永福遂偕唐景崧入北宁与两员桂军将领赵沃、黄桂兰筹商战事，但四人议论不一，未有定夺。刘永福则因安丰县无粮供应，遂将黑旗军移于北宁城外。二月十五日，北宁之战打响，两万桂军一触即溃，黑旗军亦因寡不敌众而败走。刘永福先随桂军退守太原，二月二十五日法军不战而取太原，桂军退至谅山一带，刘永福则逃回兴化，手下兵力还剩3700余人。三月中旬，刘永福又随滇军撤出兴化，并率吴凤典等部驻守文盘州、大滩，分黄守忠所部驻守宣光。五月，宣光也落入法军手中。

当时，清廷内部以李鸿章为首的主和派对刘永福态度消极，认为他是引发中法失和的原因所在，主张放弃乃至除掉刘永福和黑旗军，而主战的清流派诸臣如张之洞、张佩纶等则力主援助刘永福抗法，清廷中枢采取后者的意见，并在经过观音桥事件和马尾海战后继续与法军作战。光绪十年（1884年）七月初六日清廷正式对法宣战时，授予刘永福记名提督之官衔，并赏戴花翎，命他驱逐法军，恢复越南。九月，加恩赏银五万余两，并对黑旗军将领予以封赏褒恤。从此，刘永福开始以清朝官员的身份作战。在此之前的八月中旬，刘永福的黑旗军与滇军共6000人已包围宣光，此后不断与法国援军作战。十月，唐景崧奉两广总督张之洞之命，率麾下景军四营赶来宣光援助攻城；十一月，丁槐率3000滇军增援宣光，决定刘永福率黑旗军在左育打援，唐景崧和丁槐负责攻打宣光城。此后清军六攻宣光不下，而法军在击溃东线潘鼎新所率桂军、夺取谅山后，派3000-4000人向西增援宣光。光绪十一年（1885年）正月十六、十七日，黑旗军与法军激战于左育，黑旗军溃败，法军也付出伤亡400多人的代价，是黑旗军与法军作战中杀伤最多的一次。刘永福此前就与黄守忠有矛盾，经过左育之战，认为黄守忠要为兵败负责，黄守忠则率800人投奔唐景崧，另有两千多名败兵逃归清军其他部队，而刘永福手下残兵不过500人，黑旗军由此分裂。

光绪十一年（1885年）春，刘永福派吴凤典、李唐、魏名高、胡昆山等部将到两广招兵买马，准备在五月内新增5000人，与法国再战。在这期间，冯子材取得镇南关大捷，收复谅山。清廷中枢听从李鸿章之意见，决定“乘胜即收”，与法国议和，事实上放弃对越南的宗主权，并允许红河通商，刘永福自然不能留在越南。四月初一日，张之洞致电唐景崧，让吴凤典、李唐缓募。在法国的施压和清廷的催促下，刘永福在处理了保胜据点的善后事宜后，于五月十三日率黑旗军及家眷进入云南文山之南溪。五月十五日，清廷赏给刘永福依博德恩巴图鲁名号，并封赠三代。其子刘成良免选本班，以知州留于云南。刘永福临行前“忿闷痛哭”，并对挽留他的越南民众说：“此系祖国大皇帝九次上谕催促，不可逆命……尔等期候，我入关三年，到天朝察看如何。”后来他派人对来华求援的越南兴化巡抚阮光碧捎话：“洋贼未平，必不久归。”但此后他再也没回过越南。

与此同时，安置刘永福也被提上议事日程。二月二十二日，清廷命在云贵总督岑毓英、两广总督张之洞处理刘永福安置事宜，两人认为将刘永福安置两广为宜，张之洞还主张刘永福驻扎钦州、上思，刘永福表示愿驻扎南宁，广西巡抚李秉衡则担心刘永福手下游勇在广西与法国挑事，不愿其驻扎广西，最后张之洞决定让他驻扎琼州，但慈禧太后又不放心，表示“琼州孤岛，我水师不力，一旦有事，何以制之？”九月二十七日，张之洞采纳唐景崧的意见，将刘永福调任广州，并动用义捐银数千两，为刘永福在广州买一区大宅以备居住。在此之前，刘永福已率部于八月初四日从文山开拔，九月二十四日抵达南宁。张之洞命令他将新募的兵士遣散，只留1000余人，分为五营（各200人）和亲兵100人，称为“福军”。刘永福在将家眷行李安置于妻子黄氏在宾州（今广西宾阳）的外家以后。十二月二十二日抵达广州，翌日谒见张之洞。张之洞派孙鸿勋、陈文序经理黑旗军营务，并为刘永福“讲论书史，随时规劝，指示礼数，通其隐情”。经过对刘永福将近一个月的考察后，张之洞于光绪十二年（1886年）正月十九日上奏清廷，保荐刘永福可授总兵一缺。慈禧太后纳奏，将广东南澳镇总兵李扬升开缺送部引见，刘永福补其南澳镇总兵之缺。但因清廷又指示他暂缓赴任，所以刘永福仍在广州，期间曾请假回博白祭祖，并在宾州与家人团聚。

光绪十三年（1887年）夏，广东碣石地方发生民众和洋教徒的冲突，需要有威望素著的武将前往弹压，张之洞遂奏请由于刘永福署理碣石镇总兵，刘永福于八月初一日到任。不久，清廷又指示他入京觐见，并要求将福军再裁三营。八月二十三日，刘永福从广州启程，在广东水师提督方耀的陪同下，于上海乘“海晏”到天津，十月初二日抵达北京，初三日进宫面见光绪皇帝，十四日觐见慈禧太后，并向光绪帝辞行。十八日，刘、方二人离京，继续在广东任南澳镇总兵，巡防闽粤海疆。

光绪二十年（1894年）六月下旬，因日本出兵侵略朝鲜，甲午中日战争爆发。正式宣战前夕，在军机大臣翁同龢的推荐下，光绪帝传旨于两广总督李瀚章和闽浙总督谭钟麟，让他督促刘永福迅速带兵前往台湾帮办军务，协助台湾巡抚邵友濂防备日军。刘永福的旧部经过一再裁撤，只剩300余人，刘永福请求招募到3000人，恢复以前黑旗军的规模。谭钟麟没有答应刘永福从容招募旧部的请求求，而是将“闽浙督饬募防厦乌合之众，仓猝成军”的潮勇1000人改拨给刘永福，让他分作两营，配发毛瑟枪500支、马梯呢枪200支以及部分炮械，并预支4个月的军饷，让刘永福先行带赴台湾。刘永福在奉命后，先赶回广州燕塘旧居，布置招募旧部将士4营2000人的事宜，然后赶到潮州，将改拨给他的1000潮勇带到汕头，一边训练，一边候轮渡台。邵友濂对刘永福颇为排斥，请求将刘永福调至台南，不必来首府台北，清廷批准，于是刘永福率领一千潮勇，乘坐“威靖”“驾时”二轮船，在八月初五日抵达台南。随后，清军兵败平壤，战火蔓延至中国境内，北洋水师亦在黄海海战中遭到很大损失，清廷欲调刘永福北上辽东，抵御日军，甚至还想让刘永福直捣日本本土的长崎等地。此时邵友濂开始担心战火波及台湾，一面在台北会晤刘永福，对他极为礼遇，一面又挽留刘永福，并以他之名请求将刘永福留在台湾，清廷遂在九月十二日命令刘永福仍留台湾。同时，刘永福视察了基隆、沪尾和澎湖的防务，九月二十三日，唐景崧署理台湾巡抚，刘永福前去谒见，并提议自己带兵防守台北，遭到唐景崧的拒绝，据说是因为他嫉妒刘永福的军事才能，害怕刘永福在台北抢了他的风头。九月三十日，唐景崧在汇报台湾防务的奏折中安排刘永福防守凤山东港至恒春一带，即台南府南部沿海，限制刘永福的防守范围。同年冬，两江总督兼南洋大臣张之洞打算调刘永福北上上海防守，刘永福借机写信给总理衙门，诉说自己在台湾受到排挤的窘况，请求增兵增饷。但这些安排都没有下文。

光绪二十一年（1895年）正月，北洋水师全军覆没，入侵辽东的日军打过辽河，直逼山海关，京师震动。张之洞打算将刘永福调至京畿抵御日军，唐景崧同意。但不久之后，日军军舰出现在澎湖海域，唐景崧决意加强台南防守，于是又叫停了调刘永福北上的计划。张之洞于二月二十三日分别致电唐景崧和刘永福，劝两人和衷共济，以保台大局为重。四天后，日军占领澎湖。三月二十三日，《马关条约》缔结，其中规定中国将台湾和澎湖列岛割让日本。刘永福闻讯，誓言抗日保台。五月初二日，唐景崧在台湾士绅的拥护下，成立抗日政权“台湾民主国”，自任总统，刘永福被任命为大将军（存在争议，参见“人物争议-拜大将军”目录）。五月初九日，因台湾镇总兵万国本内渡，唐景崧命刘永福暂署台湾镇总兵。刘永福遂自恒春返回台南，他上任后不久，台北即被日军攻陷，唐景崧及其手下官员纷纷内渡，日本军舰也出没于台南安平海域侦察。刘永福致电闽浙总督边宝泉请求“暗助”，边宝泉联络张之洞，张之洞主张“任其自为之”，既不支援也不反对刘永福的抗日保台斗争。刘永福却在不久后接到了伪托张之洞名义的电文，称俄国已承认台湾自主，要求他坚守两个月，援兵即可至。刘永福受此伪电鼓舞，将其公告台南，万众欢呼，誓死抵抗。随后台南绅民三千余人推戴刘永福继任“台湾民主国”总统，被刘永福拒绝，仍以帮办台湾军务、南澳镇总兵、署台湾镇总兵的身份领导台南军民抗战。

光绪二十一年（1895年）闰五月初七日，刘永福及负责中日战事的钦差大臣刘坤一的密使易顺鼎与台南文武官吏一百余人歃血为盟，约定刘永福为抗日保台的盟主，“纵使片土之剩，一线之延，亦应仓促，不命倭得”，也就是誓言与日本战至台湾最后一寸土地，并规定细则十七条。与此同时，台中知府黎景嵩告急求援，刘永福召集诸官商议，易顺鼎自告奋勇，请缨驰援台中，刘永福允诺，拨给三营兵力，派部将吴彭年辅佐他。然而易顺鼎贪生怕死，中途变卦，刘永福便在闰五月初九日送他登船内渡。七月四日，刘永福从停泊台南的英国军舰那里收到日本首任台湾总督桦山资纪的劝降信，刘永福复信严斥，并誓言“亲督将士，克日进征，恢复台北，还之我朝”。然而，抗战局势日益恶化，苗栗、大甲溪接连陷落，吴彭年与台湾义军领袖吴汤兴、徐骧退守台中府治所彰化。七月初八日，刘永福派王德标、刘得胜、孔宪盈、李士炳四营及旱雷营孔搏增援彰化，彰化守军有三千余人。翌日日本近卫师团一万余人来攻彰化，八卦山炮台失守，李士炳、吴汤兴、吴彭年力战阵亡，残兵退守嘉义。日军打过浊水溪，逼近台南，刘永福在七月初九日亲赴前线，部署一切，后在谋士吴桐林的建议下，回台南坐镇，由宿将杨泗洪统领镇海中军正营、后营、前军右营、武毅右军右营和吉林炮队共计5营到嘉义抗敌。七月中旬，杨泗洪围攻嘉义城北三十里大莆林的日军前锋，七月十八日阵亡，日军亦受重创，退回彰化，王德标趁机收复被日军占领的云林。此时日军内疾病流行，近卫师团长北白川宫能久亲王也得了重病，不久死去。刘永福与日军以浊水溪为界，对峙约一个月。

自光绪二十一年（1895年）闰五月易顺鼎被刘永福遣回大陆后，请求张之洞等督抚给刘永福接济军械，但均遭拒绝，只有张之洞手下的道员恽祖祁等为刘永福筹款。七月二十七日，易顺鼎带着先筹到的6000两银子来到台南，但对台湾抗日军民无疑是杯水车薪，刘永福大失所望，两人议论多不合拍，于是易顺鼎在十天后返回大陆。易顺鼎没有获得台湾军民所期盼的军械，打击了台湾抗日军民的斗志，接着吴桐林也内渡求援军饷，也是一筹莫展。此时日军第二师团长乃木希典率约30000人增援，再加上日本收买了台南胥吏高慧等汉奸，对刘永福的底细及布防情况了如指掌，台南陷落也只是时间问题。

光绪二十一年（1895年）八月十五日，嘉义保卫战打响，二十日被日军近卫师团攻陷。另外两路日军也开始行动，一路是第二师团的混成第四旅团在八月二十二日从澎湖登陆于布袋嘴港，另一路是日军第二师团的主力及混成第三旅团，也是在八月二十二日从澎湖登陆于恒春东港、枋寮之间。在三路日军进逼之下，台南岌岌可危。此时，刘永福在儿子刘成良和英国驻台南领事欧思讷的劝说下，决意内渡。欧思讷在八月二十二日将刘永福写给桦山资纪的信交给驻扎澎湖的南进军司令官高岛鞆之助，要求日军不得伤害百姓，也必须厚待自己和部下，以便顺利内渡。高岛鞆之助认为刘永福言辞傲慢，于翌日复信拒绝，要求刘永福亲来日军大营乞降。同时，刘永福还请英国人向近卫师团递交自己的信，要求停战议和，然后内渡，亦遭拒绝，并同样要求刘永福投降。刘永福被激怒，继续抗战。八月二十八日，日军第二师团的主力及混成第三旅团占领凤山县，混成第四旅团先后在王爷头、曾文溪与台湾军民激战，到九月初二日，徐骧阵亡，王德标失踪。易顺鼎一直建议刘永福效法王保保、李定国，退入台湾内山（中央山脉）展开游击作战，但此时台南弹尽粮绝，人心惶惶，刘永福便在九月初三日带着儿子刘成良等十余人乘坐英国商船“多利士”号内渡，翌日抵达厦门，乘客遭到日军盘查，所幸刘永福未被发现。最后他另雇小艇，从轮船吊着落艇，才得以平安上岸。就在他来到厦门当天，日军占领台南府城，反割台斗争告一段落。

刘永福内渡后，辗转抵达广州，两广总督谭钟麟立即准备安排他的职务，考虑到南澳镇与澎湖岛对照，刘永福再回本任“恐生枝节”，遂于十月初六日请示清政府可否让刘永福调署南韶镇总兵。但刘永福此时已是身心俱疲，上禀称：“九月间由台内渡，因积受瘴湿，久病未痊，恳请开缺回籍调理。”谭钟麟查明属实，电呈清政府请旨。十一月十六日，清政府电谕：“南澳镇总兵刘永福，著准其开缺回籍。”另命前任台湾镇总兵万国本补授南澳镇总兵。日本驻华公使林董在朝报上读到这个消息后，向清政府提出抗议，要求追究刘永福抵抗日军的责任，被清政府驳回。此后，刘永福就闲居钦州养病。

甲午战争后，帝国主义列强掀起瓜分中国的狂潮，清廷要求各地将军、督抚举荐“老于兵事，缓急可恃”的武官以抵御外侮，两广总督谭钟麟便在光绪二十三年（1897年）冬敦请刘永福复出，刘永福赴广州谒见谭钟麟，谭钟麟委任他为军械局总办，每月薪金三百两。光绪二十四年（1898年）初，刘永福辞职，随后投入到重建黑旗军的工作中，他回到南宁，在左右两江各府县招兵买马，从一万余人中挑选2000余人，组成新的黑旗军（福字营）。在此期间，他曾两次调停民间械斗。光绪二十五年（1899年）十月二十七日，清廷补授刘永福河南南阳镇总兵。刘永福以自己使用粤语、不通其他省份方言为由而请求留在岭南，得到清廷批准。光绪二十六年（1900年）二月十四日将他与广东碣石镇总兵张铭新互调。碣石镇总兵是他在清朝出任的最后一个官职。

上任后不久，刘永福就被调去广宁剿匪，七月，因八国联军入侵京津，清廷号召天下勤王，署理两广总督德寿决定派刘永福率黑旗军北上勤王，九月行至湖南衡州。此时广州发生史坚如炸德寿事件，德寿急召刘永福回粤，严防革命党。同年冬，刘永福移驻惠州，此时他对清政府倍感失望，有“归隐山林，优游泉石”之志。两广总督多次调他去镇压反清起义，他都反应消极，或应或不应。黑旗军被一分为二，刘永福自领三营，其余三营驻扎广州或肇庆，逐渐脱离刘永福的管辖，刘永福便在光绪二十九年（1903年）九月自请解散自领的三营，从此黑旗军不复存在。此后他不断向两广总督岑春煊请求辞职，岑春煊均未允诺。光绪三十三年（1906年）周馥署理两广总督后，刘永福再次请求辞职，周馥同意代奏。光绪三十四年（1907年）正月，清廷正式批准刘永福辞职。

刘永福回到钦州不久，就发生革命党人刘思裕等领导的三那人民反糖捐斗争，刘永福被清政府派去劝刘恩裕，最后回报劝不动。随后，反糖捐斗争演变为反清起义，起义失败后，刘永福曾庇护起义群众。在防城起义和河口起义中，刘永福均表示同情和支持，河口起义的指挥部就设在刘永福的内弟黄茂兰家。两广当局得知刘永福“通匪”的情况，便想借机收拾他，因此在光绪三十四年（1908年）四月刘永福赴上思扫墓并处理已故部将吴凤典家中财产分配之争的过程中，他的五名护兵被上思同知蔡其铭无故杀害。刘永福便状告蔡其铭，但蔡其铭受到广西巡抚（后升两广总督）张鸣岐的庇护，故此案久拖不决。在此期间，刘永福为了避嫌，基本暂停了与革命党的往来。

宣统三年八月十九日（1911年10月10日），辛亥革命在武昌爆发，消息传到广东，张鸣岐加紧逮捕革命党人，刘永福为蔡其铭案的审理而身在广州，见时局动荡，便于九月初九日潜赴香港。九月十九日，广州光复，群龙无首，都督胡汉民邀请刘永福出任广东民团总长，以维持秩序、稳住局面。刘永福起初以年老推辞，其后在胡汉民一再劝告下同意出任。一个月后，他见事务繁多，大局稍定，便辞职回乡。

刘永福晚年住在钦州三宣堂，向乡亲口述回忆录，后来整理为黄文澜（署名“黄海安”）的《刘永福历史草》和李健儿的《刘永福传》。进入民国以后，他仍然关心国家命运。在听说《俄蒙协约》缔结的消息后，他在民国元年（1912年）底致电大总统袁世凯，请求北上抗俄，收复外蒙古。民国四年（1915年）5月9日，袁世凯接受日本提出的“二十一条”大部分条款，刘永福听说后“愤慨填胸，白发怒举，面赤亮如重枣，目光如电欲射人”，致电袁世凯政府，请求带兵抗日。

民国六年（1917年）1月7日，一向健康的刘永福突然感到身体不适，知道大限将至。1月9日，他召来儿孙，口授遗言，对国内军阀混战、列强虎视眈眈的时局表达忧虑，要求儿孙“各宜发奋为雄，抱定强种主义，投军报效，以竟予未了之志。倘为国用，自宜竭力驰躯，不惜以铁血铸山河，强大种族，以期臻于五大洲最强美之国”，如果不能获得重用，就上书大总统“务以尊贤任能为急务，远小人，贱货色，严边防，慎取舍，旁求山林逸才，延揽智谋健将；惜民力以裕财源，养民气以威夷狄；集群策群力，以鞭笞天下”，最后强调他的遗愿是“国基巩固，国势富强”，如果能实现就足以含笑九泉。随后，刘永福撒手人寰，走完了八十年的传奇人生。

刘永福在历史舞台上的主要影响体现在19世纪70—90年代中国边疆危机时期的抗法援越和抗日保台的斗争中，具体来说可以归纳如下：

（以上参考资料）

有学者主张，在宣光之战结束后，法军继续向滇军发动进攻，光绪十一年（1885年）二月初八日在临洮地方被刘永福指挥的黑旗军以及岑毓英麾下的滇军击溃，取得了所谓“临洮大捷”，收复十多个州县。但这种说法仅见于云贵总督岑毓英的奏折，刘永福本人反而回忆在临洮没有大规模接战，只是法军撤退时脱下了衣服以便游泳过河，岑毓英事后抢了这些衣服，谎报大捷。有学者认为刘永福的证词更真实，所收复的州县可能是从越南亲法势力那里收复的，而非通过“临洮大捷”击退法军而收复的。对此，有学者回应称因为刘、岑矛盾而导致记载出现分歧，但不能否认临洮大捷的存在。

在抗日政权“台湾民主国”创立之际，有说法称刘永福被拜为该政权的大将军，刘永福本人的回忆也说唐景崧曾给他送了一颗大将军印，但未送达。但有学者指出，在唐景崧5月25日宣告台湾民主国成立的通电中，只提到自己担任总统，而只字未及刘永福的任职。张之洞曾致电询问刘永福在该政权中担任什么职务，唐景崧回复“刘无名目”。也就是说，唐景崧不让刘永福担任台湾民主国的任何职务。所谓刘永福得任台湾民主国大将军的说法，并不符合历史事实。

有些书籍声称刘永福在辛亥革命前夕加入了中国同盟会。不过，关于刘永福曾加入同盟会一事，刘永福本人及其家属从来没有提过，他的口述史《刘永福历史草》以及李健儿的《刘永福传》等都没有谈到。冯自由的《革命逸史》也未提到，故这种说法存疑。

刘永福有两处故居，一处位于防城港，光绪十二年（1886年）刘永福回国后，利用回乡省亲扫墓之机，在故地那良大坡村（中越边境）选地择吉日兴建住宅，经过一年多的施工，住宅于光绪十四年（1888年）冬竣工落成。

另一处位于钦州，刘永福回国后定居钦州，购得板桂街莫姓旧宅，光绪十七年（1891年）在钦州营建公馆，以其在越南的官职三宣提督而命名为“三宣堂”。该址同时也是广西钦州市博物馆的所在地，陈列有《中法战争历史文物展览》等展品。

刘氏家庙位于广州市广州大道北大坦地二号，是刘永福驻军沙河时居住的寓所。庙左右两路均阔8。5米，进深与中路同。广州的刘氏家庙作为广州市文物保护单位，得到政府和广大人民群众的妥善保护，以此激励后人，进行革命历史传统和爱国主义教育。

刘永福墓位于广西钦州市钦南区沙埠镇沙寮村委老虎头村一座山岭上，系全国重点文物保护单位，刘永福墓在民国时期曾被盗过数十次，20世纪90年代中期也被盗过一次。2015年6月18日，再次发现被盗挖，墓碑区域基本坍塌，被挖开区域出现一个直径约60厘米的盗洞。

钦州市有永福广场，建有刘永福雕像。

广州、钦州、防城港、台南均有以刘永福名字命名的永福路。广州也有以刘永福名字命名的永福村。

钦州有以刘永福名字命名的永福大桥。

广西钦州有以刘永福名字命名的永福小学。台湾台南也有有永福国小。

2017年10月10日，刘永福纪念馆在钦州开馆。

2018年中国邮政发行的《近代民族英雄》系列纪念邮票中包含了刘永福。